iPSC衍生巨噬细胞有/无LPS刺激的RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE237489

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Wiskott-Aldrich综合征（WAS）是一种由Wiskott-Aldrich综合征蛋白（WASP）功能障碍引起的免疫缺陷病。尽管WASP对肌动蛋白聚合的影响已被充分研究，但对其在其他细胞内系统中的作用知之甚少。本研究表明，WASP在巨噬细胞中与核仁发生相互作用。利用诱导多能干细胞和CRISPR-Cas系统，我们发现敲除WASP会导致核仁尺寸减小、圆度丧失、亚核仁结构百分比降低以及核糖体RNA转录受损。此外，我们还鉴定了WASP与两种核仁蛋白之间的相互作用，包括核磷蛋白1（NPM1）和纤维蛋白（FBL）。既往研究表明，NPM1缺失会导致脂多糖（LPS）刺激后细胞因子表达升高。我们发现，WASP缺陷细胞在LPS刺激下表现出NPM1减少和细胞因子表达增加，这为核仁在免疫功能中的作用提供了新的见解。

总之，我们的研究提供了关于WASP在核仁功能中的新信息，以及其在炎症刺激下对炎性细胞因子表达的调控作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。