野生型与髓系特异性TTP家族三基因敲除巨噬细胞的差异基因表达与mRNA衰减RNA-Seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE229923

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA结合蛋白tristetraprolin（TTP）家族的成员能够结合并促进含有AU富集基序的特定转录本降解。ZFP36（TTP）以调控髓系细胞中细胞因子表达而最为人所知；然而，哺乳动物旁系同源物ZFP36L1和ZFP36L2此前并未被视为在炎症控制中具有重要作用。为研究这三种TTP家族蛋白在髓系细胞中潜在的功能重叠，我们构建了这些基因的髓系特异性单基因及多基因敲除（M-KO）小鼠。M-Zfp36-KO小鼠在生命后期表现出轻度炎症综合征，而M-Zfp36l1-KO和M-Zfp36l2-KO小鼠无明显自发性表型。髓系细胞中同时缺失全部三种TTP家族成员的小鼠出现了严重的自发性炎症表型，中位生存期为8周。与M-Zfp36-KO小鼠的细胞相比，这些小鼠来源的巨噬细胞含有更多稳定化的转录本，其中许多编码促炎细胞因子和趋化因子。我们的研究结果强调了全部三种家族成员协同作用在髓系细胞功能中的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。