Ly49基因家族的表观遗传演化 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE226497

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

比较基因组学揭示了多个参与免疫的基因家族在谱系中快速扩增，推测这是由于在确保病原体防御的同时维持自身耐受性的复杂性所致。这些基因家族内的旁系同源基因往往在免疫中演化出不同的作用。然而，关于这些基因家族的表观基因组和顺式调控如何演化，所知甚少。本文聚焦于快速演化的小鼠Ly49基因家族的表观遗传演化。Ly49基因主要编码自然杀伤（NK）细胞中的抑制性或激活性表面受体。它们共同精细调节NK细胞的活化。我们系统性地绘制了Ly49转录起始、染色质可及性、DNA甲基化和三维染色质相互作用。我们的数据揭示，每个Ly49基因形成一个顺式调控单元，由一个或多个低可及性启动子和一个近端增强子组成。重要的是，与所编码蛋白的功能分化平行，抑制性和激活性Ly49基因演化出了两套独立的近端增强子，这很可能是谱系特异性增强子活性丢失的结果。

最后，我们展示了一些Ly49基因可以被其他Ly49基因的增强子交叉调控，这表明Ly49家族已经演化出一种协同的调控机制。综上所述，我们展示了这一对宿主免疫至关重要的快速扩张基因家族的不同表观遗传演化模式，并为NK细胞研究提供了丰富的表观遗传数据集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。