新生儿脓毒症中IL-27依赖转录组特征调控[ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE220049

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类新生儿对感染的易感性增加且死亡风险更高。新生儿期对感染的易感性增加反映了其固有免疫和适应性免疫应答与成人细胞相比存在关键差异。我们此前已证明，与成人外周血来源的巨噬细胞相比，人脐带血来源的巨噬细胞中多效性免疫抑制细胞因子IL-27水平升高。新生小鼠系统中也存在类似发现，同时脾脏转录本和血清水平亦升高。近期，我们建立了新生儿脓毒症小鼠模型，以探究生命早期IL-27水平对宿主感染应答的影响。在该模型中，IL-27信号缺陷的新生小鼠表现出死亡率降低、体重增长增加、细菌负荷控制更好且全身炎症减轻。这些结果提示，在IL-27信号存在的情况下，宿主应答发生了重编程。为探究这一假说，我们对野生型(WT)和IL-27Rα缺陷小鼠在有无大肠埃希菌诱导脓毒症情况下的脾脏新生儿转录组进行了分析。

脾脏是已知的感染部位，在感染期间，野生型幼鼠的脾脏中IL-27表达和细菌载量均升高，而IL-27Rα基因敲除幼鼠中这些指标显著降低。我们鉴定出549个在野生型新生鼠应对大肠杆菌感染时差异表达的基因。上调基因与炎症、细胞因子信号传导以及G蛋白偶联受体配体结合和信号传导相关。在IL-27Rα基因敲除小鼠中，这些基因的表达水平在大肠杆菌感染后通常未能升高。我们在从对照组和感染组新生鼠脾脏分离的巨噬细胞中观察到类似的基因表达变化，且这些变化与染色质可及性的改变相一致，无论是否敲除IL-27Rα，这支持巨噬细胞作为一种先天性髓系细胞群体参与其中。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。