GSE218587:cGAS与RIG-I感知通路协同增强精英控制者髓系树突状细胞对HIV-1的天然识别

研究聚焦精英控制者(EC)髓系树突状细胞(mDC)对HIV-1的天然免疫识别机制,通过转录组表达谱比较不同应答亚群,结合功能实验提示cGAS与RIG-I感知通路的协同作用

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基因组分类GPL185739606
GSE218587: Cooperation between cGAS and RIG-I sensing pathways enables improved innate recognition of HIV-1 by myeloid dendritic cells in elite controllers

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

GSE218587:cGAS与RIG-I感知通路协同增强精英控制者髓系树突状细胞对HIV-1的天然识别

Cooperation between cGAS and RIG-I sensing pathways enables improved innate recognition of HIV-1 by myeloid dendritic cells in elite controllers

该数据集来自NCBI GEO,包含1个文件(GSE218587_series_matrix.txt.gz),主题为高通量测序表达谱分析,物种为人(9606),平台为GPL18573。研究聚焦精英控制者(EC)髓系树突状细胞(mDC)对HIV-1的天然免疫识别机制,通过转录组表达谱比较不同应答亚群,结合功能实验提示cGAS与RIG-I感知通路的协同作用。数据可用于免疫系统疾病相关基因表达分析、HIV-1天然免疫识别机制探索及生物标志物筛选(来源 NCBI)。

【数据集背景】

源站首次发布:Nov 22 202。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):HIV-1复制在未接受抗逆转录病毒治疗(ART)情况下的自发控制自然发生于一小部分HIV-1感染者中,这些人被称为精英控制者(EC),可能源于固有免疫和适应性免疫机制的改善。既往研究表明,EC的常规树突状细胞(mDC)对HIV-1逆转录转录本的胞质免疫识别增强,能够有效诱导抗病毒效应T细胞应答。然而,负责这些个体mDC中HIV-1固有识别改善的具体分子回路仍不清楚。在此,我们鉴定出一个EC亚群,其mDC对胞内HIV-1 dsDNA刺激表现出更高的基线应答能力。对此类高应答EC的转录特征进行计算分析,结合功能研究,提示胞质识别

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。

【主题与分类】

主题标签:GPL18573、9606。本站分类:免疫系统疾病。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE218587

【使用注意】

· 源站最后修改于 Jan 11 202,引用时请注意版本时效。

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在未接受抗逆转录病毒治疗(ART)的情况下,HIV-1复制的自发控制自然发生于一小部分HIV-1感染者中,这些人被称为精英控制者(EC),可能是由于先天性和适应性免疫机制增强所致。既往研究表明,EC的传统树突状细胞(mDC)中细胞质免疫对HIV-1逆转录转录本的识别增强,能够有效诱导抗病毒效应T细胞应答。然而,负责这些个体mDC中HIV-1先天识别改善的具体分子回路仍不清楚。在此,我们鉴定出EC的一个亚群,其mDC对细胞内HIV-1双链DNA刺激表现出更高的基线应答能力。对此类高应答EC的转录特征进行计算分析,并结合功能研究,提示cGAS对HIV-1双链DNA的细胞质识别,以及在RNA聚合酶III介导的HIV-1 DNA转录后由RIG-I对病毒mRNA的感知。

我们的研究共同揭示了固有传感通路的协同网络,这些网络增强了mDC细胞内在的能力,以诱导针对HIV-1的抗病毒固有反应;这些观察结果可能有助于治疗性地诱导有效的抗病毒免疫反应。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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