GSE215180：初始Th1细胞谱系特化与分化中Mdm1-Il22-Ifng位点调控对3D基因组组织的选择性需求

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE215180

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

真核DNA纤维在细胞核中被组织成结构化的亚单位，但这些三维染色质结构对细胞因子表达的影响程度尚不清楚。在此，我们研究了拓扑关联域（TAD）内动态环形成在调节两种关键细胞因子——干扰素-γ（IFN-γ）和白介素-22（IL-22）表达中的作用。这些细胞因子基因座在基因组中位置相近，并与复杂的增强子景观相关联，这些增强子在1型和3型淋巴细胞中选择性活跃。利用原位Hi-C技术，我们展示了在Th1分化过程中可诱导的TADs，这些TADs将Ifng和Il22增强子隔离。删除这些TADs的边界导致体外和体内Th1和Th17相关免疫的不平衡。相反，该边界元件对于NK细胞中的细胞因子调节并非必需。我们的发现表明，精确的细胞因子调节依赖于三维染色质结构和增强子景观的谱系和发育阶段特异性相互作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。