Zeb2驱动CD11c+非典型B细胞形成以维持控制持续感染的生发中心 [Bulk RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213194

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CD11c+非典型B细胞（ABCs）是一种与免疫接种、感染和自身免疫相关的替代性记忆B细胞谱系。然而，驱动ABCs转录程序的因素尚未明确，该细胞群体的功能也仍未完全阐明。在此，我们基于人类扁桃体B细胞单细胞数据集，识别了与ABC群体相关的候选转录因子。我们在小鼠中鉴定出与人类ABCs具有相似转录组特征的CD11c+ B细胞，并通过优化的CRISPR-Cas9敲低筛选观察到，锌指E盒结合同源盒2（Zeb2）的缺失会损害ABC的形成。此外，ZEB2单倍剂量不足的Mowat Wilson综合征（MWS）患者血液中循环ABCs减少。在ABC形成受损的Cd23Cre/+Zeb2fl/fl小鼠中，ABCs对于疟原虫子孢子免疫后的有效体液免疫应答并非必需，但却是控制复燃性红内期疟疾所必需的。

免疫表型分析显示，ABCs促进最佳T滤泡辅助（Tfh）细胞形成和生发中心（GC）反应，它们位于红/白髓边界，可能有利于更好地接触病原抗原进行呈递。总体而言，我们的研究表明，ABC形成依赖于Zeb2，这些细胞能够通过维持GC反应来限制感染的复发。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。