抗磷脂综合征患者血小板转录组数据集

该数据集来源于 NCBI,包含抗磷脂综合征(APS)患者与健康对照者的血小板 mRNA 测序数据,旨在呈现两组之间不同的 mRNA 表达谱

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基因组分类GPL203019606
GSE212818: The transcriptome of platelet from antiphospholipid syndrome (APS)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

抗磷脂综合征患者血小板转录组数据集

GSE212818 是一个聚焦抗磷脂综合征(APS)患者血小板转录组的高通量测序数据集,来源于 NCBI。该数据集以血小板 mRNA 测序为核心,比较 APS 患者与健康对照者之间的 mRNA 表达谱差异,旨在呈现两组人群血小板 mRNA 谱的不同特征。数据集由 Tingting、Liu 提交,发布时间为 202 年 9 月 7 日,归类于免疫系统疾病 / 其他方向,包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE212818_series_matrix.txt.gz。整体而言,该数据集为研究 APS 中血小板 mRNA 表达变化提供了直接的测序数据基础,适合围绕两组间表达谱差异开展分析与探索。

【数据集背景】

抗磷脂综合征是一种与免疫系统相关的疾病,血小板在其病理过程中具有重要地位。该数据集正是从血小板这一角度切入,通过 mRNA 测序刻画 APS 患者与健康对照者血小板的转录组特征。源站描述指出,本研究所进行的血小板 mRNA 测序呈现了两组之间不同的 mRNA 表达谱,说明该数据集的核心目的不在于单一指标的测量,而在于从转录组层面展示两组样本的差异格局。数据集主题标签包含 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL20301 与 9606,分别指向高通量测序表达谱、芯片平台编号与人类物种信息,进一步明确了其研究定位。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE212818_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包。从文件命名看,该文件属于系列矩阵形式,通常用于承载样本层面的表达谱汇总信息。数据集的主题标签表明其数据类型为高通量测序产生的表达谱数据,物种为人类(9606),平台编号为 GPL20301。源站描述强调,该数据来自 APS 患者与健康对照者的血小板 mRNA 测序,并呈现两组之间不同的 mRNA 表达谱。除上述信息外,源站未提供更细的字段结构、样本数量或具体基因层面的内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Tingting、Liu,发布时间为 202 年 9 月 7 日。源站标题为“The transcriptome of platelet from antiphospholipid syndrome (APS)”,与数据集英文名一致。数据采集的对象为 APS 患者与健康对照者的血小板,采集手段为 mRNA 测序。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及测序的具体实验流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于围绕抗磷脂综合征患者与健康对照者血小板 mRNA 表达谱差异开展的分析工作,例如两组间表达特征的比较、差异表达模式的探索,以及作为血小板转录组研究的参考数据。由于其主题标签涉及高通量测序表达谱与人类物种,也可用于与同类转录组数据之间的对照或方法学验证。需要说明的是,源站未提供该数据集在具体疾病机制、临床分型或生物标志物方面的结论,因此相关应用应限于数据本身所呈现的表达谱层面。

【使用方法】

使用该数据集时,可先下载数据文件 GSE212818_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段理解偏差导致后续分析错误。由于源站未提供该文件的详细字段说明,读取时应以文件实际内容为准,逐步确认样本标识、分组信息与表达值编码方式。对于需要复现或扩展分析的用户,可结合主题标签中的平台编号与物种信息进行数据匹配与注释。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件,数据规模与样本构成在源站描述中未具体说明。源站未提供样本量、测序深度、质控指标、批次信息以及数据预处理方法等细节,因此在使用时难以直接评估其技术质量与潜在偏倚。此外,源站未提供临床信息、分组标准与统计分析方法,相关结论的可靠性需结合原始数据自行判断。该数据集的描述主要停留在“两组 mRNA 表达谱不同”这一层面,未给出具体的差异基因列表或功能结论,使用时应注意避免过度解读。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Tingting、Liu,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,发布时间为 202 年 9 月 7 日。关于该数据集的引用格式、使用许可与再分发条件,源站未提供,使用前应前往来源站查阅相关说明并遵循其要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE212818

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究对APS患者和健康对照者进行的血小板mRNA测序显示了这两组之间不同的mRNA表达谱。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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