HIV-1感染者CD4+ T细胞克隆的单细胞多组学数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE187515

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

HIV-1感染的CD4+ T细胞的克隆扩增是治愈的主要障碍。我们采用单细胞ECCITE-seq技术，在未刺激条件下以及CMV和HIV-1抗原刺激后，对来自六名HIV-1感染者（病毒血症期间和抑制性抗逆转录病毒治疗后）和两名未感染者的215,458个CD4+ T细胞（其中267个HIV-1 RNA+细胞和68个扩增的HIV-1 RNA+ T细胞克隆）的转录图谱、上游免疫调控因子、HIV-1 RNA表达及T细胞克隆扩增动态进行了研究。我们发现，尽管接受了抗逆转录病毒治疗，抗原和TNF反应仍然持续存在并塑造了T细胞克隆扩增。HIV-1存在于Th1极化、抗原反应性且表达Bcl-2家族抗凋亡基因的T细胞中。HIV-1 RNA+ T细胞克隆的克隆大小更大，建立于病毒血症期间，在病毒抑制后持续存在，并富集于GZMB+细胞毒性效应记忆Th1细胞中。靶向HIV-1感染的细胞毒性CD4+ T细胞及克隆扩增的驱动因素为HIV-1清除提供了新方向。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。