轻/中度SARS-CoV2感染纵向轨迹揭示恢复期病毒特异性免疫的关键前兆与预测因子

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE173590

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SARS-CoV2感染导致临床上异质性表现，部分由与免疫系统复杂的纵向相互作用所驱动。鉴于全球超过1亿人感染，轻症COVID-19的公共卫生负担巨大，但大多数研究集中在重症和致死性COVID-19上。我们招募了一个轻症COVID-19队列，进行多模式免疫表型分析，包括单免疫细胞分析（scRNAseq、scATACseq、流式细胞术）、血清蛋白、病毒特异性细胞和体液免疫反应，以及从急性感染早期到恢复期的临床注释。样本从症状出现后15天内的急性感染早期纵向采集至超过100天。与未感染对照组比较，发现在症状出现后15天时，与急性病毒感染反应一致的显著免疫激活，且年龄较大（≥40岁）参与者相比年轻（<40岁）参与者表现出更强的炎症反应。I型、II型和III型干扰素反应在几乎所有PBMC亚群中最一致地上调。

在感染早期，浆母细胞扩增，并伴有活跃的IFNL和IFNG信号特征，将早期炎症和IFN反应与通过抗体控制病毒复制联系起来。scRNAseq的纵向模型证实，大多数炎症通路随时间推移而下降，包括I型和II型IFN信号，以及检测病毒复制的先天危险传感器（TLR、RIG-I）信号。相比之下，随时间表达增加的基因富集于EMT和伤口愈合通路。大多数参与者在症状出现后>30天的恢复期显示炎症特征持续衰减，但出现PASC者除外。尽管急性后遗症PASC与康复期参与者之间的病毒特异性适应性免疫反应相似，但PASC参与者在症状出现后>30天显示持续的血清细胞因子和趋化因子差异，包括IL5、TNF、IL-12p70和可溶性CD28升高。scR

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。