致病真菌宿主转录组比较：常见与物种特异性抗真菌宿主反应通路

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE162746

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

念珠菌病、曲霉病和毛霉病是免疫受损患者中大多数医院获得性真菌感染的病因。通过对暴露于引起这些感染的真菌物种的外周血单个核细胞（PBMC）进行无偏转录谱分析，我们发现健康个体中存在一种调控有效真菌清除的核心宿主反应：该反应由156个转录本组成，涉及经典和非经典免疫通路。对宿主抗真菌防御关键步骤的系统研究揭示了真菌特异性特征。如先前所证实，白色念珠菌诱导干扰素相关通路。相反，PRRs、ROS产生和宿主糖酵解通路在应对少根根霉时下调，且其调控与内质网应激反应相关。令人惊讶的是，TLR5被发现受烟曲霉独特调控，并控制其诱导的细胞因子释放。总之，我们的数据揭示了白色念珠菌、烟曲霉和少根根霉诱导的转录谱，并描述了可用于新型治疗策略的常见和特异性抗真菌宿主反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。