造血干细胞移植患者HCMV再激活期间血液区室表达谱分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE161752

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人巨细胞病毒（HCMV）再激活是造血干细胞移植（HSCT）患者中导致发病和死亡的主要感染性原因。HCMV再激活的特征是可在血液中检测到病毒DNA（DNA血症），然而，在HCMV再激活过程中血液隔室的作用尚未得到充分表征。我们利用强大的分子工具，对HCMV再激活的HSCT患者DNA血症期间外周血单个核细胞（PBMC）中的HCMV感染进行了表征。令人惊讶的是，我们发现所有PBMC群体中病毒DNA水平极低，病毒转录本水平也极低。值得注意的是，这些样本中检测到的病毒转录本主要为即刻早期基因，表明这些细胞并未经历完整的生产性周期。细胞转录组分析揭示了高DNA血症样本中特征性的转录变化，提示HCMV特异性T细胞的发育以及调节性T细胞功能的抑制。

总体而言，我们的数据表明，在HCMV再激活的HSCT患者中，DNA血症与独特的免疫特征相关，但不一定伴随PBMCs的显著感染，且PBMCs并未被有效感染。这些发现对于理解再激活期间血液隔室在HCMV进展和控制中的作用具有重要意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。