对照与动脉瘤人主动脉组织的单细胞转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE155468

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数据说明

背景：升主动脉瘤（ATAA）由主动脉壁进行性变薄和扩张引起，可导致主动脉夹层、破裂及其他危及生命的并发症。为加深对ATAA发病机制的理解，我们力求全面表征升主动脉壁的细胞组成，并识别人类ATAA组织各细胞群中的分子改变。方法：我们对11名研究参与者的升主动脉组织进行了单细胞RNA测序（sc-RNAseq）分析，包括8例ATAA患者（4名女性和4名男性）和3名对照者（2名女性和1名男性）。利用sc-RNAseq数据进行聚类鉴定，对从主动脉组织提取的细胞进行分析和分类。随后通过比较ATAA与对照组织间各细胞类型的比例及基因表达谱，检查ATAA相关变化。我们还通过将我们的sc-RNAseq数据与全基因组关联研究（GWAS）的公开可用数据进行整合分析，检查了哪些基因可能对ATAA至关重要。

结果：我们在人升主动脉组织中鉴定出11种主要细胞类型；对这些细胞进行高分辨率重新聚类后，进一步将其分为40种亚型。平滑肌细胞、巨噬细胞和T淋巴细胞中观察到多种亚型，提示这些细胞在主动脉壁中具有多种功能群体。总体而言，与对照组织相比，ATAA组织的非免疫细胞较少，免疫细胞较多，尤其是T淋巴细胞。差异基因表达数据提示ATAA组织存在广泛的线粒体功能障碍。此外，我们将sc-RNAseq数据与公共GWAS数据和启动子捕获Hi-C数据进行整合分析，结果提示ERG（ETS[成红细胞转化特异性]相关基因）在维持正常主动脉壁功能中发挥重要作用。结论：我们的研究提供了一个全面的

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。