小分子化合物诱导CD4+ T细胞转录重编程数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE144552

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

HIV根除的一个主要障碍是潜伏储存库的持续存在，即携带具有复制能力但转录沉默的前病毒的细胞。这些储存库主要由CD4+ T细胞组成，无法被宿主免疫系统或联合抗逆转录病毒治疗（cART）靶向清除。一旦停止cART，病毒会迅速反弹。为了开发有效的HIV治愈疗法，必须更好地理解调控潜伏建立和/或维持的因素及宿主程序。为实现这一目标，我们用潜伏逆转剂（LRAs）处理了基于CD4+ T细胞的潜伏模型（J-Lat 10.6），并进行了bulk RNA-seq，以预测在潜伏HIV再激活中被激活并可能参与的宿主转录程序。我们的研究结果表明，一种新型小分子（EPH-334）通过激活与MAPKs及下游主要调控因子活化相关的氧化应激转录程序，来再激活潜伏HIV。

有趣的是，泛组蛋白去乙酰化酶抑制剂SAHA也能诱导氧化应激程序，这可能将氧化还原状态变化的感知与细胞信号传导及转录程序的激活联系起来，最终导致潜伏HIV的再激活。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。