细菌性出血性败血症对长吻鮠免疫应答的影响（RNA-Seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE138967

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

长吻鮠是中国广泛养殖的常见鱼类品种，然而养殖过程中易发的细菌性败血症会给养殖户造成巨大经济损失。为了解长吻鮠对嗜水气单胞菌感染的免疫应答，本研究采用Illumina测序技术鉴定脾脏组织中mRNA和miRNA的变化。本研究从对照组(CG)和实验组(EG)脾脏样本中分别获得9216万(M)和9561万条高质量转录组reads，鉴定出207个上调基因和185个下调基因。这些基因富集于29个GO条目和30条KEGG通路(P ≤ 0.05)，包括细胞因子-细胞因子受体相互作用以及补体和凝血级联通路，其中实验组相对对照组有17个上调基因和12个下调基因。基于斑马鱼基因组，miRNA-seq共鉴定出343个miRNA，其中15个上调、10个下调(倍数变化 ≥ 2或 ≤ 0.5且P ≤ 0.05)。

靶基因预测和KEGG富集分析显示，所有靶基因均集中在与免疫应答相关的13条通路中，包括mTOR信号通路和TGF-beta信号通路。通过实时定量RT-PCR验证了参与免疫应答的8个差异表达基因和4个miRNA的表达模式。这些结果为了解细菌性出血性败血症对长吻鮠免疫应答影响的分子机制提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。