GSE130053：Tristetraprolin在HeLa细胞中特异性结合内含子区域并调控免疫应答基因的可变剪接

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE130053

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数据说明

Tristetraprolin（TTP）通过结合靶mRNA的3‘-UTR AREs使其不稳定，从而调控炎症和免疫反应。然而，我们首次发现，在无刺激条件下，TTP能够调控炎症和免疫反应基因的表达及选择性剪接。为探寻其调控机制，我们在HeLa细胞中进行了iRIP-seq实验。iRIP-seq研究揭示，TTP结合位点富集于CDS和内含子RNA区域。我们还发现，TTP靶基因富集于I-kappaB激酶/NF-kappaB级联的正调控和NF-kappaB转录因子活性的正调控通路，例如STAT4、EGR3、RELB、TRIM22、RNF25和TRAF1。此外，我们发现HeLa细胞中先天免疫反应基因的选择性剪接受TTP全局调控。TTP-RNA相互作用的全基因组图谱进一步揭示，TTP主要结合于竞争性组成型剪接位点附近，而普遍结合于可变剪接位点附近则常导致内含子保留。通过破坏小基因构建体上的TTP结合位点并检测其AS事件，进一步证实了这种位置效应。

这些发现提示了TTP调节剪接位点竞争，从而在HeLa细胞中产生相反功能后果的一种机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。