GSE124389：治疗过程中痤疮暴发：研究外周血基因表达差异
该数据集来自 NCBI GEO，聚焦治疗过程中痤疮暴发患者的外周血基因表达变化，旨在通过高通量测序表达谱比较，识别痤疮暴发相关的基因表达差异，进而探索治疗后痤疮暴发的机制
基本信息
资源简介
GSE124389：治疗过程中痤疮暴发：研究外周血基因表达差异
GSE124389 数据集来自 NCBI GEO，主题为治疗过程中痤疮暴发患者外周血的基因表达差异研究。该数据集旨在通过高通量测序表达谱比较，识别痤疮暴发相关的基因表达变化，进而探索治疗后痤疮暴发的机制。数据集归属于免疫系统疾病 / 其他分类，包含 1 个数据文件，即 GSE124389_series_matrix.txt.gz，由 Yuchen、Jiang 于 2019 年 12 月 26 日发布。整体而言，该数据集为研究痤疮治疗过程中暴发现象的分子基础提供了外周血基因表达层面的数据资源，适合开展表达谱差异分析与机制探索类工作。
【数据集背景】
痤疮是一种常见的皮肤疾病，其治疗过程中可能出现暴发（flare-up）现象，即病情在治疗期间出现急性加重。为理解这一现象的分子机制，该数据集以“治疗过程中痤疮暴发”为研究场景，目标在于识别痤疮暴发患者体内的基因表达变化，从而探索治疗后痤疮暴发发生的可能机制。数据集标题明确指向“外周血中基因表达差异”的考察，说明其研究材料为患者外周血，关注的是全身性表达特征而非局部皮损组织。该数据集被归入免疫系统疾病 / 其他类别，与痤疮暴发所涉及的免疫相关过程相呼应。
【数据内容】
该数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE124389_series_matrix.txt.gz，属于 GZIP 压缩格式的表达谱矩阵文件。主题标签显示其数据类型为“Expression profiling by high throughput sequencing”，即基于高通量测序的表达谱分析；平台标识为 GPL20301，物种标识为 9606（人类）。数据集围绕治疗过程中痤疮暴发患者外周血的基因表达差异展开，核心内容是可供比较的基因表达谱信息。除上述文件与标签信息外，源站未提供更细化的样本数量、分组设计或基因数量等具体内容。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），由 Yuchen、Jiang 发布，发布时间为 2019 年 12 月 26 日。源站描述指出其研究目标为识别痤疮暴发患者的基因表达变化，并据此探索治疗后痤疮暴发的机制。数据以系列矩阵文件的形式提供下载，属于 GEO 中常见的表达谱汇总数据组织形式。关于样本采集地点、采集时间跨度、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于围绕痤疮治疗过程中暴发机制的表达谱研究，例如比较痤疮暴发患者外周血中的基因表达差异、筛选与暴发相关的候选基因或表达特征，以及从外周血表达层面探索治疗后病情加重的潜在分子过程。由于其归类于免疫系统疾病 / 其他，也可作为免疫相关疾病表达谱分析的数据资源之一。需要说明的是，具体的研究设计细节与可支持的统计比较方式，源站未提供，使用时应以实际数据内容为准。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE124389_series_matrix.txt.gz，该文件为 GZIP 压缩包，需按相应格式解压与读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认数据读取无误后再批量接入分析流程。由于该文件为系列矩阵形式，通常包含表达值矩阵及样本相关信息，具体字段构成需以文件实际内容为准；源站未提供额外的使用说明或分析脚本。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个系列矩阵文件，未提供原始测序数据或其他配套文件的说明，源站也未提供样本量、分组信息、数据质控指标等细节。因此，在缺乏完整元数据的情况下，对数据质量与适用范围的判断应保持谨慎。此外，数据集聚焦外周血基因表达，源站未提供皮损组织或其他类型样本的信息，结论外推需考虑这一限制。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Yuchen、Jiang，来源站为 NCBI GEO。关于具体的引用格式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE124389
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：识别痤疮暴发患者的基因表达变化，从而探讨治疗后痤疮暴发的机制。方法：将11例痤疮患者和3例健康人分为4组（第1组：4例暴发，第2组：4例改善，第3组：3例无明显变化，第4组：健康对照）。收集患者在接受异维A酸或米诺环素治疗前后的外周血。采用RNA-seq检测基因表达。我们将数据应用于自身对照和组间比较。结果：在第1组的自身对照中，22个上调基因参与Toll样受体信号通路和炎症反应。比较治疗前第1组和第3组，1778个上调基因富集于Th17细胞分化，而57个下调基因富集于对生物体的防御反应。结论：痤疮暴发患者的基因表达谱发生了变化。炎症、免疫反应在痤疮暴发过程中发挥突出作用，而对微生物的防御反应相对较弱，粉刺形成可能是危险因素。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
