mHLA-DR分层脓毒性休克患者LTR逆转录转座子表达调控初步研究

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121349

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数据说明

背景：脓毒症被定义为由宿主对感染反应失调所引起的危及生命的器官功能障碍。迄今为止，尚无生物标志物在临床常规应用中显示出足够的证据和便利性，以监测脓毒症相关免疫改变的复杂性。人类内源性逆转录病毒（HERVs）与免疫反应存在多层次的相互作用，这使我们推测它们可能是既参与脓毒症病理生理过程、又构成分子特征谱的 relevant 候选者。在本研究中，我们使用了一种近期描述的高密度微阵列，该微阵列可用于探索脓毒性休克患者中HERVs/MaLRs的转录组。结果：约6.9%的HERVs/MaLRs repertoire在全血中转录。关于LTR的功能，大多数LTR处于沉默状态（62.9%），7.5%的LTR具有推定的组成型启动子或多聚腺苷酸化功能，而20.4%的LTR可能从沉默状态转变为活跃状态。有证据表明，根据流式细胞术测定的单核细胞HLA-DR（mHLA-DR）表达水平（作为免疫抑制的替代指标），一部分HERVs/MaLRs和基因在脓毒性休克患者中受到调控。

随后，我们鉴定出一个由193个差异表达的HERVs/MaLRs探针集组成的大型特征谱，并进一步缩减为包含10个HERVs/MaLRs的较小特征谱。这两个特征谱均在独立的脓毒性休克队列中得到验证，可识别出两组具有不同严重程度特征的患者，包括临床标准以及CD74和CX3CR1脓毒症严重程度分子标志物。结论：这种基于微阵列的方法揭示了全血中约87,912个不同HERV探针集的表达，并鉴定出764个推定启动子LTR和642个推定polyA LTR。研究表明，在脓毒性休克患者中，HERV/MaLR的表达受mHLA-DR表达的紧密调控。我们在脓毒性休克患者中鉴定出一组潜在的分子生物标志物，部分与免疫抑制（mHLA-DR）重叠，一种

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。