个体化精准健康多组学分析[血液(PBMCs) RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE108665

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究包括我们临床试验的发现，即监测个体对肺炎球菌疫苗接种的个体化反应，我们对单个个体疫苗接种前后的外周血单核细胞（PBMCs）和唾液进行了整合性分析。据我们所知，这是针对单个个体最广泛的以唾液为中心的组学数据集，涵盖一年内的100个时间点。时间跨度涵盖健康期以及肺炎球菌疫苗接种后先天性和适应性免疫反应的综合监测。在每个时间点均制备了唾液和PBMCs的蛋白质与RNA（唾液100个时间点，PBMCs 25个时间点），并对所有样本进行了非靶向全面谱分析，包括质谱蛋白质组学和RNA测序。具体而言，对单个个体（男性，38岁）在健康期的多个时间点以及肺炎球菌疫苗（PPSV23）治疗后的多个时间点进行了分析。最初收集了免疫前样本，包括24小时每小时采样期（样本P1052515H07-P1052615H08），以提供比较基线。

随后进行了为期24小时的时程实验，再次在疫苗接种前后每小时采集样本（P1060715H07-P1060815H06）。PPSV23肺炎球菌疫苗在约上午10：30、数据点P1060715H11之前的时间点之间接种。接种疫苗后，在24小时监测结束后，每天采集样本持续约一个月（直至样本P1070715H08），以捕获唾液中的先天性和适应性反应。随后又进行了两次每周采样，之后每月采样一次直至研究结束。同时，每周或每月采集PBMC样本。组学样本分析包括：唾液和PBMC中总RNA的RNA测序；唾液中的小RNA测序；唾液和PBMC中的蛋白质组学；唾液中外泌体的小RNA。样本命名说明：样本标识符/名称P1MMDDYYHhh

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。