TRAIL治疗EAE小鼠脾脏CD4+ T细胞基因表达谱二代测序分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE108523

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：为阐明活化T细胞来源的TRAIL在EAE中的潜在免疫调节机制，我们通过RNA测序和转录组分析，对经TRAIL治疗的EAE小鼠脾脏CD4+ T细胞的基因表达谱进行了分析。方法：采用Illumina Solexa平台深度测序，生成对照组或经溶剂或TRAIL治疗的EAE小鼠脾脏CD4+ T细胞mRNA表达谱。所有样本的文库构建均使用Agilent的SureSelect Strand Specific RNA Library Preparation Kit，用于在Solexa平台上进行75SE（单端或双端）测序。序列通过TruSeq SBS Kit采用边合成边测序技术直接测定。原始序列由Illumina Pipeline软件bcl2fastq v2.0获得，预期每个样本产生20M（百万 reads 或 Gb）。结果：通过比较经溶剂或TRAIL治疗的EAE小鼠脾脏CD4+ T细胞的mRNA表达，共有244个基因存在显著差异表达。

通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析对这244个显著基因进行分类，CD4+ T细胞中富集最显著的类别为“细胞周期”(富集倍数：3.13，p = 1.64 × 10−5)，其次为“TCR信号通路”(富集倍数：2.80，p = 8.25 × 10−4)。此外，在火山图分析中，“TCR信号通路”中的显著基因倾向于下调，而“细胞周期”中的显著基因倾向于上调。与火山图结果一致，无监督层次聚类热图显示，在经TRAIL处理的EAE小鼠脾脏CD4+ T细胞中，显著的TCR信号通路相关基因下调，而显著的细胞周期相关基因上调。结论：我们的研究表明，经TRAIL处理的EAE小鼠CD4+ T细胞的基因转录模式涉及不同的TCR信号通路和细胞周期通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。