抗磷脂综合征中性粒细胞RNA-Seq数据集

该数据集来自NCBI GEO,包含抗磷脂综合征(APS)患者与健康对照中性粒细胞的RNA-Seq转录组数据,共9例原发性APS患者和9例年龄、性别及种族匹配的健康对照

geo
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基因组分类GPL167919606
GSE102215: RNA-Seq in neutrophils from Antiphospholipid Syndrome

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

抗磷脂综合征中性粒细胞RNA-Seq数据集

GSE102215 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集,主题为抗磷脂综合征(Antiphospholipid Syndrome, APS)患者中性粒细胞的 RNA-Seq 转录组分析。该数据集通过下一代 RNA 测序技术,对分离自 9 例原发性 APS 患者和 9 例年龄、性别及种族匹配的健康对照者的中性粒细胞总 RNA 进行了全面的转录组分析,旨在进一步阐明中性粒细胞在 APS 中的作用。数据集归属于免疫系统疾病 / 其他分类,包含 1 个数据文件,即 GSE102215_series_matrix.txt.gz,由作者 Patrick、Coit 发布,发布时间为 Aug 03 201(原文如此)。该数据集为研究抗磷脂抗体相关血栓形成机制及中性粒细胞在 APS 中的功能提供了转录层面的数据基础。

【数据集背景】

抗磷脂抗体是导致血栓形成的主要原因之一。为了进一步阐明中性粒细胞在抗磷脂综合征(APS)中的作用,研究者开展了本项转录组分析。该数据集聚焦于原发性 APS 患者与健康对照者中性粒细胞的基因表达差异,属于免疫系统疾病研究范畴,主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL16791 和 9606(人类)。源站描述明确指出,抗磷脂抗体是血栓形成的重要诱因,而中性粒细胞在 APS 中的角色尚需深入探究,因此该研究采用下一代 RNA 测序技术对中性粒细胞总 RNA 进行系统分析。

【数据内容】

该数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE102215_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包。数据内容为中性粒细胞的 RNA-Seq 转录组表达谱,样本来自 9 例原发性 APS 患者和 9 例年龄、性别及种族匹配的健康对照者,共计 18 个样本的转录组数据。主题标签中的 GPL16791 对应高通量测序平台,9606 对应人类物种。数据集分类为免疫系统疾病 / 其他,属于基因表达谱研究类型。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov(NCBI GEO)。样本采集对象为原发性 APS 患者和健康对照者的中性粒细胞,研究者使用下一代 RNA 测序技术对分离出的中性粒细胞总 RNA 进行转录组分析。源站描述说明,对照者与患者在年龄、性别和种族上相匹配,以减少混杂因素对表达谱比较的影响。数据集作者为 Patrick、Coit,发布时间为 Aug 03 201。

【适用场景】

该数据集适用于免疫系统疾病特别是抗磷脂综合征相关研究,可用于比较 APS 患者与健康对照者中性粒细胞的转录组表达差异,探索中性粒细胞在 APS 及抗磷脂抗体相关血栓形成中的潜在作用。主题标签表明其属于高通量测序表达谱数据,适合基因表达分析、差异表达研究及相关机制探索等场景。分类归入免疫系统疾病 / 其他,也可作为免疫相关转录组研究的参考数据。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE102215_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。该文件为系列矩阵文件,通常包含样本信息和表达值矩阵,可结合高通量测序平台信息进行后续表达谱分析。源站未提供更详细的分析流程或参数说明。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、测序深度、重复数或批次效应等方面的具体信息。样本量方面,数据集包含 9 例原发性 APS 患者和 9 例匹配健康对照,共 18 个样本,样本规模有限。数据集仅包含 1 个文件,源站未提供其他辅助文件或质控报告的说明。使用时应注意样本量及数据来源的局限性,具体质量指标需依据源站进一步核实。

【引用与许可】

源站未提供引用方式及许可信息。数据集作者为 Patrick、Coit,发布时间为 Aug 03 201,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。使用或引用该数据集时,建议参照 NCBI GEO 的通用引用规范,并核实源站关于许可与使用条款的具体说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE102215

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

抗磷脂抗体是血栓形成的主要原因之一。为进一步阐明中性粒细胞在APS中的作用,我们采用下一代RNA测序技术,对从9例原发性APS患者及9例年龄、性别和种族相匹配的健康对照者中分离出的中性粒细胞总RNA进行了全面的转录组分析。

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