GeoMx空间分析揭示mepolizumab抗IL5治疗嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉复杂细胞反应

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.22823397

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数据集大小约 24.2 MB。

数据说明

该存储库保存了与论文相关的原始数据：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40922486/ 摘要：关于抗IL5治疗对慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中鼻息肉组织生物学的影响，目前了解有限。本研究利用空间 profiling 技术，检测了CRSwNP患者鼻息肉组织在接受抗IL5治疗后的细胞蛋白质组和转录组反应。对20例嗜酸性CRSwNP患者在美泊利单抗治疗前及治疗16周和24周后采集的鼻窦活检组织，进行了鼻息肉基质中80种蛋白质和1,833个信使RNA靶点的GeoMx数字空间 profiling，以及鼻息肉上皮的全转录组（18,815个信使RNA靶点）分析。抗IL5治疗对嗜酸性CRSwNP患者具有显著的组织生物学影响。在蛋白质相互作用网络中，识别出与检查点抑制（PD-1）、中性粒细胞脱颗粒（CD6b、CD44、STING1）和先天免疫系统（CD14、CD68、STING、CD163）相关的鼻息肉基质蛋白质的治疗相关变化。

在转录水平上，与反应组学术语“先天性和适应性免疫系统”、“中性粒细胞脱颗粒”以及“息肉基质内上皮间质转化中的TGFβ受体信号传导”相关的基因集显著减少，同时“增强抗氧化途径”也呈现减少趋势。在息肉上皮中，观察到与反应组学术语“纤毛组装”和“角质化”相关的基因集增加，而KIT信号调控则有所减少。空间 profiling 显示，抗IL5治疗在鼻息肉组织内的效果超越了单纯的嗜酸性粒细胞减少，还涉及对先天性和适应性免疫细胞的调节以及改善上皮屏障生物学。屏障功能改善变化的临床相关性可能与先前抗IL5治疗观察到的生活质量指标有关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。