儿童脓毒性休克全血RNA-Seq基因计数转录组实验（PICU入院TP1及48小时后TP2）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-17576

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

儿童脓毒性休克期间免疫轨迹与内型转换建模的基因表达分析

我们旨在刻画19例脓毒性休克患儿从首次与儿科重症监护团队接触（TP1）至48小时后（TP2）的免疫轨迹。我们分析了作为“儿童急性重症疾病生物标志物（BASIC）”研究一部分所收集的数据，该研究于2014—2016年间招募参与者23。BASIC是一项前瞻性队列研究，纳入英国伦敦和英格兰东部四家儿科重症监护病房（PICU）收治的危重患儿，这些患儿在由儿童急性转运服务（CATS）——区域性儿科重症监护转运服务——进行紧急转运期间被纳入。因此，我们选取了19例脓毒性休克患儿（操作性定义为疑似或确诊感染、接受有创通气并经中心静脉导管接受血管活性药物输注的患儿），且这些患儿有可用的TP1和TP2 RNA稳定化样本。全血采集至PAXgene（Qiagen，英国）管中，并妥善保存于-80ºC。

RNA按照制造商说明，使用QIAsymphony PAXgene血液miRNA提取试剂盒（Qiagen，英国）提取。提取的RNA样本经DNA去除（RNA Clean and Concentrator-5 with DNase，Zymo Research，美国加利福尼亚州）和珠蛋白去除（GLOBINclear Human Kit，ThermoFisherScientific），并在核心基因组学设施（Imperial Genomics Facility，Imperial NIHR Biomedical Research Centre）的Illumina NextSeq2000上测序，生成50 bp双端读长。原始fastq文件使用Salmon 1.10.2（https://salmon.readthedocs.io/en/latest/salmon.html）45比对至人类基因组（GRCh38），并在差异基因表达分析前对基因计数进行定量。下游分析包括：差异基因表达分析；加权基因共表达网络分析；内分型（使用先前发表的BASIC内分型）；以及RNA速率和转录组轨迹方法。T

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。