发展中国家婴儿疫苗反应全基因组关联研究 VaccGene 二期非洲队列

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001000918

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类遗传异质性约占常见儿童疫苗接种反应 observed 变异的70%。识别这种异质性的组成要素，将有助于通过合理的佐剂策略，或通过靶向特定高风险或高应答亚群，开发出具有更优临床和成本效益的疫苗。迄今为止发表的研究在以下方面存在局限：所分析的疫苗亚型数量、纳入人群的多样性、样本量，以及可能解释各疫苗反应剩余部分变异的其他环境和生活方式变量的广度。尽管如此，这些研究已提出，携带疫苗反应相关变异的基因位于与免疫功能相关的基因组区域，如HLA位点以及FOXP1和ITGAL。我们正在提议开展迄今规模最大的疫苗反应全基因组关联研究之一，该研究将提供无与伦比的效能，以识别与全球所有最常用儿童疫苗反应相关的遗传因素。

在项目第一阶段（Prelim I0308），我们使用Illumina HumanOmni2.5-8芯片对来自恩德培母婴（EMaB）研究的约1，400名儿童进行了基因分型；该研究是乌干达南部一项正在进行的出生队列研究。针对白喉、破伤风、百日咳、流感嗜血杆菌、麻疹、乙型肝炎和卡介苗疫苗接种反应的分析目前正在进行中。与其他正在进行的研究合作，我们计划在项目第二阶段将样本量扩大至总计最多7，000人。这一大型队列将包括1，500名南非婴儿、500名布基纳法索婴儿、1，800名厄瓜多尔儿童，以及来自多个国家的最多1，800名儿童（MAL-ED联盟）。主要测量的表型将是所有入组儿童在6或12月龄时对所接种疫苗的血清学反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。