利用单细胞多组学解析COVID-19分子免疫应答
该数据集来自omicsdi.org，对住院COVID-19患者外周血免疫细胞及健康对照供者进行单细胞多组学分析，覆盖表面蛋白、基因表达和淋巴细胞免疫受体
基本信息
资源简介
利用单细胞多组学解析COVID-19分子免疫应答
该数据集名为“Deciphering the molecular immune response to COVID-19 using single cell multi-omics”，来源于omicsdi.org，归类于免疫系统疾病/其他类别，主题标签为转录组学。数据集针对住院COVID-19患者的外周血免疫细胞以及健康对照供者，开展单细胞多组学分析，覆盖表面蛋白、基因表达和淋巴细胞免疫受体等多个层面。其核心目标在于识别机体在SARS-CoV-2感染或LPS刺激下，免疫细胞组成与状态所发生的协同变化，并与健康对照免疫细胞进行比较。整体而言，该数据集为在单细胞分辨率上理解COVID-19相关的分子免疫应答提供了多组学层面的资源。
【数据集背景】
该数据集聚焦于COVID-19感染条件下的分子免疫应答研究。源站描述指出，其研究设计涵盖住院COVID-19患者与健康对照供者两类对象，并进一步涉及SARS-CoV-2感染或LPS刺激条件下的免疫细胞变化观察。通过单细胞多组学手段，该数据集旨在揭示免疫细胞在组成和状态两个维度上的协同改变，从而为理解病毒感染及类似刺激条件下的免疫反应机制提供数据基础。数据集的分类归属为免疫系统疾病/其他，主题标签为转录组学，说明其内容与免疫系统疾病研究及转录层面的分子信息密切相关。
【数据内容】
数据集的内容围绕外周血免疫细胞展开，采用单细胞多组学分析策略，覆盖表面蛋白、基因表达和淋巴细胞免疫受体三类信息。具体而言，表面蛋白层面的信息可用于刻画免疫细胞的表型特征；基因表达层面的信息对应转录组学主题，反映细胞内的分子状态；淋巴细胞免疫受体的信息则与适应性免疫应答的识别特征相关。源站描述强调，该数据集用于识别免疫细胞组成与状态的协同变化，因此其数据内容不仅包含单个细胞层面的多组学测量，也服务于对细胞群体组成变化和细胞状态变化的比较分析。关于数据的具体样本数量、测序深度、细胞数目等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。其样本来源为住院COVID-19患者的外周血免疫细胞以及健康对照供者的外周血免疫细胞。源站描述还提及LPS刺激条件下的免疫细胞比较，表明数据采集或实验设计涉及对免疫细胞进行LPS挑战的观察场景。数据集的英文名称明确指向利用单细胞多组学解析COVID-19的分子免疫应答。除上述来源与样本类型信息外，关于采集地点、采集时间、伦理审批及具体实验平台等信息，源站未提供。
【适用场景】
基于其多组学单细胞特征，该数据集适用于研究COVID-19患者与健康对照之间外周血免疫细胞在组成和状态上的差异，也适用于分析SARS-CoV-2感染或LPS刺激条件下免疫细胞的协同变化。由于覆盖表面蛋白、基因表达和淋巴细胞免疫受体，该数据集可用于从转录组学及免疫受体特征等角度探索免疫应答的分子基础。其分类归属免疫系统疾病/其他，也可为免疫系统疾病相关研究提供参考数据。关于更具体的下游应用场景，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过omicsdi.org获取，具体访问路径与下载方式以源站为准。使用时，可依据表面蛋白、基因表达和淋巴细胞免疫受体等不同层面的信息开展单细胞水平的比较分析，围绕住院COVID-19患者、健康对照供者以及LPS刺激条件进行分组对照研究。关于数据格式、预处理流程、分析工具及代码等使用细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于单细胞多组学分析，涵盖表面蛋白、基因表达和淋巴细胞免疫受体等多层面信息，研究对象包括住院COVID-19患者与健康对照供者，并涉及LPS刺激条件。关于数据质量评估指标、批次效应、样本量、覆盖范围及潜在偏倚等具体限制，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-10026
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对住院COVID-19患者外周血免疫细胞及健康对照供者进行表面蛋白、基因表达和淋巴细胞免疫受体的多组学单细胞分析。鉴定与健康对照免疫细胞相比，针对SARS-CoV-2感染或LPS刺激所产生的协调性免疫细胞组成及状态变化。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
