小棕蝠免疫基因组数据：白鼻综合征遗传响应测量基准

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.2r4c7

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数据集大小约 94.4 MB。

数据说明

白鼻综合征（WNS）已对北美东部的冬眠蝙蝠种群造成毁灭性打击，导致包括此前广泛分布的小棕蝠（Myotis lucifugus）在内的多个物种被紧急列入保护名录。然而，在白鼻综合征泛动物流行病疫情中心附近的一些蝙蝠种群在经历最初的急剧下降后似乎正在趋于稳定，这可能反映了选择性免疫遗传扫荡。为探究WNS对受影响蝙蝠种群免疫基因组施加显著选择的假说，我们开发了一种新型高通量序列捕获检测方法，靶向138个具有推定适应性意义的适应性、内在性和先天性免疫基因及其各自的调控区域（约370 kbp基因组序列/个体）。我们利用该检测方法探索了小棕蝠的基线免疫遗传变异，并研究特定免疫基因/变异是否与WNS易感性相关。我们还利用该检测方法检测了1,038个推定中性的单核苷酸多态性，并描述了当代种群结构，为识别局部免疫遗传适应提供了背景。

序列捕获提供了一种经济高效的一体化检测方法，用于检测中性遗传和免疫遗传结构，并揭示了相距不到600公里的采样点之间精细尺度的基线免疫遗传分化。我们在M. lucifugus中鉴定出与WNS易感性相关的功能性免疫遗传变异。本研究为未来在全分布范围内探究M. lucifugus对白鼻综合征的免疫遗传适应奠定了基础，并为其他宿主-病原体系统中的进化拯救研究提供了蓝图。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。