人为因素在景观尺度上塑造野生种群免疫基因变异的数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.40vv8

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数据集大小约 110.1 KB。

数据说明

理解自然种群中适应性遗传变异所受选择作用的时空尺度，对于我们认识进化生态学至关重要，并对保护工作具有重要意义。种群中个体所暴露的环境因素可在精细空间尺度上发生变化，从而可能产生局部适应模式。在此，我们比较了伯氏鹨（Anthus berthelotii）岛屿种群内的中性变异和主要组织相容性复合体（MHC）变异，以评估病原体介导选择的景观水平差异是否在这些免疫基因中产生了精细空间结构。具体而言，我们检验了禽疟疾分布及先前显示影响该分布的因素与常住个体内MHC变异之间的空间关联。尽管我们未发现整个种群在中性或MHC位点上存在总体遗传结构，但我们确实发现了环境因素与MHC变异之间的局部关联。

一个MHC I类等位基因（ANBE48）与疟疾感染风险直接相关，而个体中ANBE48和ANBE38等位基因的存在分别与距离最近家禽养殖场的远近呈正相关和负相关，这一人为因素先前已被证明是研究人群中疾病分布的重要决定因素。我们的发现强调了在研究适应性基因座的进化模式和过程时，考虑小空间尺度的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。