果蝇细菌感染不同阶段抗性与耐受性的基因型与饮食数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.f3d2m

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数据集大小约 213.1 KB。

数据说明

背景：宿主对病原体感染的防御由抵抗力和耐受性组成。抵抗力是宿主限制病原体载量的能力，而耐受性则是限制特定病原体载量有害效应的能力。这一区分表明，最适宿主未必拥有最具攻击性的免疫系统，提示宿主-病原体协同进化不仅仅是病原体毒力因子与宿主抗菌活性之间不断升级的军备竞赛。宿主如何平衡抵抗力和耐受性，以及这种平衡如何影响宿主防御的进化，仍未有答案。为了确定基因型与饮食的相互作用以及每种策略的进化成本可能如何限制宿主防御的进化，我们在两种饮食条件下饲养了黑腹果蝇的十种基因型，并感染革兰氏阴性细菌病原体Providencia rettgeri，在五天内测量了存活率、繁殖力和病原体载量。

结果：我们展示了两个明显的感染阶段：急性期，其特征为高死亡率、低繁殖力和高病原体载量；以及慢性期，此时病原体载量虽高但稳定，死亡率和繁殖力恢复到未感染水平。我们证明了在感染的两个阶段均存在抗性遗传变异，但仅在急性期发现了耐受性的遗传变异。我们发现了基因型与饮食交互作用于耐受性，尤其是在急性期，但基因型与饮食的交互并未显著影响抗性。我们发现抗性与耐受性之间存在饮食依赖的正相关关系，以及抗性的微弱进化成本，但未检测到耐受性的任何成本。结论：现有的耐受性和抗性模型过于简单化。像本研究这样的多阶段感染很少被考虑，但我们展示了在耐受性和抗性的决定因素及进化约束上存在重要差异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。