共生与临床样本中表皮葡萄球菌生物膜形态型与种群结构数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.br0h8

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数据集大小约 86.3 MB。

数据说明

细菌物种包含相关的基因型，这些基因型可表现出具有重要临床意义的不同表型。表皮葡萄球菌是医院感染的常见原因，其致病性的关键在于其粘附并在表面形成生物膜的能力，从而减弱宿主免疫反应和抗生素的效果。共生型表皮葡萄球菌群体被认为在涉及粘附和生物膜积聚的因素上与疾病相关群体有所不同。我们量化了来自不同来源的98株表皮葡萄球菌分离株在生物膜形成上的差异，并基于核糖体多位点分型（rMLST）以及涉及粘附和生物膜形成的基因的存在/缺失，研究了群体结构。所有分离株均能在体外生长试验中粘附并形成生物膜，共聚焦显微镜检查依据其厚度、生物体积和粗糙度将其分类为5种生物膜形态型。系统发育重建将分离株归为三个独立的进化支，其中主要与疾病相关的进化支中的分离株在形态型上显示出多样性。

在生物膜形态特征中，仅生物膜厚度与克隆分布有显著关联。某些已知黏附相关基因（aap和sesE）在分离株中的分布与物种克隆框架显示出显著关联，但有一个例外。这些数据挑战了诸如ica操纵子上的生物膜相关基因是低侵袭性表皮葡萄球菌分离株遗传标记的假设，并表明表型特征，如黏附和生物膜形成，并非由克隆遗传固定，而是受到在各谱系间移动的各种基因存在的影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。