金黄色葡萄球菌与表皮葡萄球菌生态重叠及水平基因转移数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.82jq4

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据集大小约 63.6 MB。

数据说明

金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌这两种机会致病菌是严重院内感染的主要原因，在全球范围内与高死亡率和高发病率相关。这两种细菌都是人类皮肤和鼻咽部的常见共生菌，但在遗传上存在差异，在1,478个核心基因中平均核苷酸分歧率为24%。为了更好地理解这些生态位相似的葡萄球菌物种的基因组动态，我们对324个金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌基因组进行了比较分析，其中包括83个新的表皮葡萄球菌序列。参考泛基因组方法和全基因组多位点序列分型揭示，约一半的基因组在这两个物种间是共享的。基于BratNextGen分析，发现同源重组影响了表皮葡萄球菌40%的核心基因，但仅影响了金黄色葡萄球菌24%的核心基因。物种间的同源重组较为罕见，任意两个表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌分离株之间最多共享九个基因等位基因。

相比之下，可移动元件存在显著的种间混合，特别是与SaPIn1致病岛、金属解毒及甲氧西林耐药岛SCCmec相关的基因。我们的数据和分析为探讨金黄色葡萄球菌与表皮葡萄球菌之间重组边界的本质，以及影响这两个物种间实际重组的自然选择力量提供了背景。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。