淋巴母细胞系Custom MHC阵列分析
该数据集来自 omicsdi.org，主题为转录组学，聚焦人类 MHC 区域的高分辨率转录分析。数据基于包含 tiling 与 junction 探针的定制杂交微阵列，覆盖三种与自身免疫疾病相关的常见单倍型，可用于研究 MHC 区链特异性转录本、基因表达差异及顺式调控效应（来源 omicsdi.or
基本信息
资源简介
淋巴母细胞系Custom MHC阵列分析
该数据集英文名为 Custom MHC array analysis of lymphoblastoid cell lines，来源于 omicsdi.org，主题标签为转录组学，聚焦人类 MHC 区域的高分辨率转录分析。人类 MHC 是基因组学研究的典范区域，与疾病表现出显著关联，但其功能变异在很大程度上仍未得到解析。该数据集基于一种原创的杂交微阵列开展分析，该微阵列同时包含 tiling 探针与 junction 探针，并考虑了已知的序列多样性，覆盖三种与自身免疫疾病相关的常见单倍型，可用于研究 MHC 区的链特异性转录本、基因表达差异以及顺式调控效应。整体而言，该数据为理解 MHC 区域在自身免疫疾病相关单倍型间的转录差异提供了高分辨率的数据基础。
【数据集背景】
人类 MHC 是基因组学研究的典范，显示出与疾病的显著关联，但功能性变异在很大程度上仍未被解析。为在更高分辨率上刻画这一区域的转录活动，研究者采用了一种原创的杂交微阵列，该微阵列同时包含 tiling 探针与 junction 探针，并在设计中考虑了已知的序列多样性。基于这一平台，研究对淋巴母细胞系（lymphoblastoid cell lines）中的 MHC 区域进行了分析，覆盖三种与自身免疫疾病相关的常见单倍型，从而为解析单倍型间的表达差异与调控机制提供数据支撑。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 MHC 区域的高分辨率、链特异性转录图谱。分析显示，MHC 区域中总计有 6% 被转录，平均每 1.4 kb 对应一个转录本，其中包含此前未被识别的基因间转录。研究定义了三种常见单倍型之间的基因表达差异，差异表达探针与单倍型间多态性的分布在统计上显著相关，支持顺式效应的存在。单倍型特异性转录涉及 96 个差异表达基因，其中包括 ZFP57，该基因在健康志愿者队列中得到了验证；此外还涉及 526 个外显子。数据主题归属于转录组学，本站分类为免疫系统疾病 / 其他。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。数据产生自对淋巴母细胞系的定制 MHC 微阵列分析，所用平台为包含 tiling 与 junction 探针的原创杂交微阵列，并在分析中考虑了已知的序列多样性。研究对象为三种与自身免疫疾病相关的常见单倍型。除上述来源与平台信息外，源站未提供更详细的样本采集流程、处理步骤与实验条件说明。
【适用场景】
该数据集适用于 MHC 区域转录组学研究，包括：解析 MHC 区的链特异性转录本与基因间转录；比较三种常见自身免疫疾病相关单倍型之间的基因表达差异；研究差异表达探针与多态性分布之间的关系，进而探讨顺式调控效应；以及针对单倍型特异性转录所涉及的基因（如 ZFP57）与外显子开展后续验证与分析。其主题标签为转录组学，亦可服务于免疫系统疾病相关的基础研究。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据文件格式、访问方式、分析流程与软件工具等信息。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、技术验证细节与使用限制的系统说明。就已有信息而言，该研究的转录本定义基于定制杂交微阵列平台，差异表达基因 ZFP57 已在健康志愿者队列中得到验证，但其余结果的外部验证情况源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-22453
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
人类MHC是基因组学的典范，显示出与疾病的显著关联，但功能性变异在很大程度上仍未得到解析。利用一种原创的杂交微阵列（包含覆盖探针和连接探针）针对MHC并考虑已知序列多样性，我们绘制了首个高分辨率、链特异性的MHC转录图谱，定义了与自身免疫疾病相关的三种常见单倍型的基因表达差异。总体上，MHC的6%被转录，每1.4kb有一个转录本，包括此前未被识别的基因间转录。差异表达探针与单倍型间多态性的分布显著相关，支持顺式效应。单倍型特异性转录涉及96个差异表达基因，包括ZFP57，后者在健康志愿者队列中得到验证，同时526个外显子显示单倍型差异。我们还发现MHC中的剪接事件显著比基因组其余部分更广泛。这项研究标志着免疫遗传学的新一步。
结果文件（.wig和.gff）包含共享路径和替代路径（共享及单倍型特异性）的覆盖度数据，定义了每个样本中整个MHC区域的转录活性。携带三种常见自身免疫单倍型（COX、PGF、QBL）的淋巴母细胞样细胞系，在未刺激和刺激（200nM PMA和125nM离子霉素处理6小时）条件下，使用定制MHC芯片进行了三次重复分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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