真菌感染中IL-1驱动炎症的细胞类型特异性调控

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-12997

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

炎症是对组织损伤的一种非常强大的先天免疫反应；然而，它需要受到严格调控，以防止迁延且可能具有破坏性的炎症。在本项目中，我们研究一种IL-1信号传导负调控因子的影响，该调控因子可由不同的免疫细胞亚群产生。具体而言，我们打算确定不同免疫细胞亚群（如中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞）对抗真菌免疫反应调控的贡献。我们先前的研究表明，巨噬细胞特异性条件性敲除小鼠对真菌感染具有强保护作用，而CD11c特异性条件性敲除仅表现出短暂保护。在本RNAseq实验中，我们旨在鉴定导致这些效应的差异调控基因集和通路。此外，我们打算将这些分析结果与来自较大规模播散性真菌感染人类患者队列生成的数据集进行比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。