果蝇免疫肽等位基因维持的选择压力套件

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A469c1bdbcaf6f5f230148ce450685597e02ebf973ead8b064652f4606b2e89d5

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

先天免疫系统为宿主提供了抵御病原体的关键第一道防线。虽然免疫基因通常是基因组中进化最快的基因之一，但在果蝇中，抗菌肽（AMPs）是显著的例外。相反，AMPs可能处于平衡选择之下，使得在进化时间尺度上多个等位基因得以维持在种群中。在本研究中，我们聚焦于果蝇抗菌肽Diptericin A，该基因存在一个分离的氨基酸多态性，与感染革兰氏阴性菌Providencia rettgeri后的差异存活相关。Diptericin A还有助于控制由常见果蝇肠道微生物引起的机会性肠道感染，尤其是植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。除了对肠道免疫的基因型效应外，我们还观察到强烈的性别特异性效应，这些效应在缺乏功能性diptericin A的果蝇中最为显著。

为进一步表征不同diptericin基因型之间微生物组的差异，我们……，，# Mullinax等人2025年“多种选择压力支持果蝇免疫肽等位基因的维持”的README ## 图1（Fig1_data.csv）这是几种基因型在感染几种不同病原体后的生存数据。各列如下：| 标题 | 说明 | | ------------ | ------------------------------------------------------------------- | | Vial_number | 用于记录管理，这些值会重复，因此没有用处 | | line | Diptericin CRISPR/Cas9编辑品系（或其他基因型） | | genotype | 对Diptericin（或Imd）基因的具体编辑 | | treatment | 用于感染的微生物（缩写见稿件正文或下方培养基） | | start_date | 感染开始日期（YYYYMMDD） | | day0-day5 | 每天存活的果蝇数量……，

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。