尿黑酸作为甲氧苄啶代谢与天然产物生物合成前体的发现
该数据集来自 ACS Chemical Biology 论文，研究 Burkholderia cenocepacia 感染在囊性纤维化和慢性肉芽肿病患者中的代谢表型
基本信息
资源简介
尿黑酸作为甲氧苄啶代谢与天然产物生物合成前体的发现
Discovery of
Homogentisic Acid as a Precursor in Trimethoprim
Metabolism and Natural Product Biosynthesis
该数据集来自 ACS Chemical Biology 论文，研究 Burkholderia cenocepacia 感染在囊性纤维化和慢性肉芽肿病患者中的代谢表型。数据包含非靶向代谢组学与稳定同位素标记分析，用于鉴定仅由产 pyomelanin 菌株产生的关键代谢物，并解析其结构与生物合成来源。文件为补充材料表格，可用于代谢物注释、菌株表型分类及甲氧苄啶生物转化机制研究（来源 figshare，CC BY-NC 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Discovery of Homogentisic Acid as a Precursor in Trimethoprim Metabolism and Natural Product Biosynthesis》发表于 ACS Chemical Biology（2022），DOI：10.1021/acschembio.2c00529。源站首次发布：2022-10-10。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：Burkholderia cenocepacia 的机会性感染对囊性纤维化和慢性肉芽肿病患者具有生命威胁。这些感染常与多变的临床结局相关，促使人们关注与疾病严重程度相关表型的分子研究。pyomelanin 色素的产生就是这样一个表型，最近发现它与临床菌株对甲氧苄啶进行生物转化的能力有关。然而，该生物转化产物尚未被鉴定，且与 pyomelanin 色素沉着相关的代谢物产生差异也知之甚少。在此，我们鉴定了几种仅由产 pyomelanin 菌株产生的关键代谢物。为了深入了解这些代谢物的结构和生物合成来源，我们开发了一种基于质谱的 st
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 226.37 KB。数据集 DOI：10.1021/acschembio.2c00529.s003。
【主题与分类】
源站学科分类：Biochemistry、Medicine、Microbiology、Genetics、Pharmacology、Biotechnology。主题标签：work presents application、untargeted metabolomic data、stable isotope labeling、several natural products、previously unknown mechanism、metabolite annotation assisted、cell culture ).、study provide insights、chronic granulomatous disease、variable clinical outcomes。本站分类：免疫系统疾病/慢性肉芽肿病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biochemistry、Medicine、Microbiology、Genetics、Pharmacology、Biotechnology。
【获取与许可】
源站页面：https://acs.figshare.com/articles/dataset/Discovery_of_Homogentisic_Acid_as_a_Precursor_in_Trimethoprim_Metabolism_and_Natural_Product_Biosynthesis/21307996
使用许可：CC BY-NC 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/）。
规范引用：McAvoy, Andrew C.; Threatt, Paxton H.; Kapcia, Joseph; Garg, Neha (1753). Discovery of Homogentisic Acid as a Precursor in Trimethoprim Metabolism and Natural Product Biosynthesis. ACS Publications. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-13，引用时请注意版本时效。
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Discovery of
Homogentisic Acid as a Precursor in Trimethoprim
Metabolism and Natural Product Biosynthesis - DOI：10.1021/acschembio.2c00529.s003
- 发布日期：2022-10-10
- 文件数：1 个
- 文件总体积：226.37 KB
- 源站页面：https://acs.figshare.com/articles/dataset/Discovery_of_Homogentisic_Acid_as_a_Precursor_in_Trimethoprim_Metabolism_and_Natural_Product_Biosynthesis/21307996
命令行下载
curl -L -o "cb2c00529_si_003.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/37805977"
文件清单
cb2c00529_si_003.xlsx（226.37 KB）
文件总体积 226.37 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
新洋葱伯克霍尔德菌引起的机会性感染对囊性纤维化和慢性肉芽肿病患者具有生命威胁。这些感染通常与多变的临床结局相关，促使人们关注与疾病严重程度相关的表型的分子研究。吡omelanin色素的产生就是这样一个表型，最近发现它与临床菌株对抗生素甲氧苄啶进行生物转化的能力有关。然而，该生物转化产物尚未被鉴定，且与吡omelanin色素沉着相关的代谢产物差异了解甚少。在此，我们鉴定了几种仅由产生吡omelanin的菌株产生的关键代谢产物。为了深入了解这些代谢产物的结构和生物合成来源，我们开发了一种基于质谱的策略，将无监督的计算机子结构预测与稳定同位素标记相结合，称为MAS-SILAC（通过子结构发现和细胞培养中氨基酸稳定同位素标记辅助的代谢产物注释）。
这种方法发现了尿黑酸作为多种天然产物生物合成的前体，以及参与甲氧苄啶的生物转化，代表了一种此前未知的抗生素耐受机制。本研究展示了应用计算方法分析非靶向代谢组学数据，将病原微生物的化学型与特定表型相关联。本研究中的观察结果为黑色素化表型的临床意义提供了见解。
许可
CC BY-NC 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1021/acschembio.2c00529.s003（source: https://acs.figshare.com/articles/dataset/Discovery_of_Homogentisic_Acid_as_a_Precursor_in_Trimethoprim_Metabolism_and_Natural_Product_Biosynthesis/21307996）。
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