细胞因子IL-4诱导人脐血CD4+ T细胞早期转录事件的全基因组分析
该数据集来自omicsdi.org,聚焦细胞因子IL-4在人脐血CD4+ T细胞早期Th2分化中引发的转录动力学。样本为活化并经IL-4与抗IL-12处理的脐血CD4+ T细胞,在培养起始后0.5、1、2、4、6、12、24、48和72小时采集总RNA,与仅活化的细胞比较

基本信息
资源简介
细胞因子IL-4诱导人脐血CD4+ T细胞早期转录事件的全基因组分析
该数据集聚焦于细胞因子IL-4在人脐血CD4+ T细胞早期Th2分化过程中所引发的转录事件,属于免疫系统疾病与过敏研究领域,主题标签为Transcriptomics。研究通过全基因组层面的转录分析,追踪IL-4刺激后不同时间点的基因表达变化,旨在详细刻画Th2细胞早期分化中的转录动力学。样本来自活化并经IL-4与抗IL-12处理的脐血CD4+ T细胞,在培养起始后0.5、1、2、4、6、12、24、48和72小时采集总RNA,并与仅活化的细胞进行比较。该数据集共分析57个样本,来自三个生物学重复的培养,其中两个样本因质量受损在后续数据分析中被剔除。数据集来源于omicsdi.org,为理解IL-4在Th2分化启动阶段的调控作用提供了转录组层面的资源。
【数据集背景】
该数据集的研究目标在于详细研究细胞因子IL-4在Th2细胞早期分化中所启动的转录动力学。Th2细胞分化是免疫应答中的重要过程,而IL-4作为关键细胞因子,其早期诱导的转录事件对于理解Th2细胞命运决定具有重要意义。该数据集关注的是人脐血CD4+ T细胞在活化条件下,经IL-4与抗IL-12处理后的早期转录变化,属于免疫系统疾病与过敏相关研究范畴,主题标签为Transcriptomics。
【数据内容】
数据集包含全基因组范围的转录分析数据,样本为活化并经IL-4与抗-IL-12处理的脐血CD4+ T细胞。总RNA在培养起始后0.5、1、2、4、6、12、24、48和72小时共九个时间点采集,并与仅活化的细胞进行比较。共分析57个样本,这些样本来自三个生物学重复的培养。其中两个样本因质量受损而在后续数据分析中被剔除,分别为样本8(Th0.4h.1)和样本11(Th2.6h.1)。数据集的主题标签为Transcriptomics,聚焦于转录组层面的基因表达信息。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。样本材料为人脐血CD4+ T细胞,经活化处理,并进一步接受IL-4与抗-IL-12处理。总RNA在培养起始后的多个时间点采集,包括0.5、1、2、4、6、12、24、48和72小时。对照为仅活化的细胞。样本来自三个生物学重复的培养,共分析57个样本。源站描述中提及两个样本因质量 compromised 而被丢弃,未参与后续数据分析。
【适用场景】
该数据集适用于研究细胞因子IL-4在Th2细胞早期分化中的转录调控机制,可用于分析IL-4诱导的早期转录事件的时间动态。其主题标签为Transcriptomics,适合转录组学相关分析,例如比较不同时间点与仅活化细胞之间的基因表达差异,探索Th2分化启动阶段的分子事件。该数据集属于免疫系统疾病与过敏领域,可用于过敏及免疫相关研究的背景参考。
【使用方法】
该数据集可用于转录组层面的差异表达分析、时间序列表达模式分析等。使用时可将经IL-4与抗-IL-12处理的样本与仅活化的对照样本进行比较,关注0.5至72小时的多个时间点。由于样本来自三个生物学重复,可考虑重复间的一致性。需注意样本8(Th0.4h.1)和样本11(Th2.6h.1)因质量受损已被剔除,在分析中不应纳入。具体的数据格式、处理流程及分析工具,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集共分析57个样本,来自三个生物学重复的培养。其中两个样本因质量受损在后续数据分析中被剔除,分别为样本8(Th0.4h.1)和样本11(Th2.6h.1)。除上述质量信息外,源站未提供其他关于数据质量、覆盖度、测序深度或批次效应的说明。数据集仅涉及人脐血CD4+ T细胞在特定处理条件下的转录组信息,其结论外推至其他细胞类型或体内环境需谨慎。其他限制信息源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
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提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-17974
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本数据集旨在详细研究细胞因子IL-4在Th2细胞早期分化中启动的转录动力学。从活化的脐带血CD4+ T细胞以及经IL-4和抗IL-12处理的细胞中获取总RNA,时间点分别为培养开始后0.5、1、2、4、6、12、24、48和72小时,并与仅活化的细胞进行比较。共分析了来自三个生物学重复培养的57个样本。其中两个样本因质量不佳(样本8=Th0.4h.1和样本11=Th2.6h.1)在后续数据分析中被剔除。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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