基本信息

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创建/更新时间

2026-10-08

资源简介

BLUEPRINT 2016年8月 DNase 超敏性数据：替代激活巨噬细胞 GRCh38 样本

该数据集英文名为 BP_August_2016_DNase-Hypersensitivity_alternatively_activated_macrophage_on_GRCh38 - samples，来自 omicsdi.org，在本站被归类为免疫系统疾病 / 过敏，主题标签为 Genomics。根据源站描述，这是一份针对 2 个替代性活化巨噬细胞样本的 DNase-Hypersensitivity 数据，包含 2 个 run、2 个 experiment 和 2 个 analysis，参考人类基因组 GRCh38。该数据属于 BLUEPRINT 项目 2016 年 8 月发布的一部分，相关分析文档可通过源站提供的链接获取。整体来看，该数据集聚焦于免疫相关细胞类型的染色质开放区域检测，适合用于基因组学层面的调控研究。

【数据集背景】

该数据集属于 BLUEPRINT 项目 2016 年 8 月发布的内容之一。BLUEPRINT 项目关注人类血液细胞的表观遗传与转录调控特征，而本数据集具体针对替代性活化巨噬细胞。替代性活化巨噬细胞通常与免疫调节、组织修复及过敏相关反应存在联系，因此该数据被本站归入免疫系统疾病 / 过敏分类。数据集以 DNase-Hypersensitivity 为检测手段，目标是在人类基因组 GRCh38 上刻画染色质开放状态。源站描述明确指出，该数据是 BLUEPRINT release August 2016 的一部分，并提供了分析文档链接，说明其产生和分析遵循该项目在 2016 年 8 月发布时对应的流程。

【数据内容】

源站描述显示，该数据集包含 2 个替代性活化巨噬细胞样本的 DNase-Hypersensitivity 数据。数据规模方面，包含 2 个 run、2 个 experiment 和 2 个 analysis。参考基因组为 human genome GRCh38。主题标签为 Genomics。除上述信息外，源站未提供更细粒度的数据内容说明，例如具体文件格式、数据量大小、峰值数量、测序深度、重复数或样本个体信息等。因此，关于数据内容的具体细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 omicsdi.org。源站描述说明其属于 BLUEPRINT release August 2016，分析文档位于 http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/blueprint/releases/20160816/homo_sapiens/README_dnaseseq_analysis_20160816。该链接指向 BLUEPRINT 项目 2016 年 8 月发布中关于 DNase-seq 分析的说明文档。除来源站和该分析文档链接外，源站未提供样本采集地点、采集时间、供体信息、伦理审批信息或实验操作细节。

【适用场景】

基于源站描述，该数据集可用于研究替代性活化巨噬细胞在人类基因组 GRCh38 上的 DNase-Hypersensitivity 特征。由于主题标签为 Genomics，且属于免疫系统疾病 / 过敏分类，其潜在适用方向包括免疫相关细胞染色质开放区域的定位、调控元件的识别，以及与过敏或免疫系统疾病相关的基因组学分析。该数据也可作为 BLUEPRINT 项目 2016 年 8 月发布的一部分，用于与其他血液细胞类型的 DNase-Hypersensitivity 数据进行比较研究。但源站未提供具体的适用场景说明或推荐分析流程，以上仅为基于分类和主题标签的通用组织性描述。

【使用方法】

源站描述提供了分析文档链接：http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/blueprint/releases/20160816/homo_sapiens/README_dnaseseq_analysis_20160816。用户可依据该文档了解 DNase-seq 分析的相关说明。除该链接外，源站未提供数据下载方式、文件目录结构、预处理步骤、软件版本或参数设置等具体使用方法。因此，关于如何下载、解压、比对、调用峰值或进行下游分析的操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

源站描述仅说明该数据集包含 2 个样本、2 个 run、2 个 experiment 和 2 个 analysis，参考基因组为 GRCh38，属于 BLUEPRINT release August 2016。源站未提供质量评估指标，例如测序质量分数、比对率、重复率、峰值一致性、批次效应评估或数据完整性检查结果。由于样本数量为 2，源站也未说明其统计效力或是否适合群体-level 推断。关于数据质量与限制的详细说明，源站未提供。

【引用与许可】

源站描述提供了分析文档链接，但未提供该数据集的引用格式、DOI、许可协议或使用条款。关于引用与许可的具体信息，源站未提供。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001002481

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001002481

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DNase-Hypersensitivity data for 2 alternatively activated macrophage sample(s). 2 run(s), 2 experiment(s), 2 analysis(s) on human genome GRCh38. Part of BLUEPRINT release August 2016. Analysis documentation available at http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/blueprint/releases/20160816/homo_sapiens/README_dnaseseq_analysis_20160816

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别