扩增人造血干祖细胞中的转录因子ChIP-seq

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-26014

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管已知许多个体转录因子调控造血分化，但造血全局架构的主要方面仍不清楚。在此，我们对38个不同纯化的人造血细胞群体进行了基因表达谱分析，并利用基因表达的概率模型和基因启动子中顺式元件的分析，来解析其调控回路的一般组织方式。我们鉴定出高度共表达基因的模块，其中一些局限于单一谱系，但大多数在多个谱系中以可变水平表达。我们发现了密集互连的顺式调控回路以及大量在造血状态间差异表达的转录因子，提示调控系统比先前假设的更为复杂。我们通过RNA干扰和ChIP-Seq对一部分候选因子进行了功能验证。我们的数据集、分析工具和研究结果可在基于网络的门户上获取，为研究造血的调控架构提供了独特的资源。人CD133阳性脐带血（UCB）细胞与甲醛交联20分钟。

DNA通过染色质免疫沉淀（ChIP）富集，并采用Solexa测序技术进行分析。全细胞提取物（WCE）样本经过测序，作为背景以确定富集程度。ChIP实验使用了针对总TAL1（Santa Cruz SC-12984）、PU.1/SPI1（Santa Cruz SC-352X）、IKAROS（Santa Cruz SC-9859X）和MEIS1（Abcam ab19867）的抗体进行。此提交内容代表了研究中的ChIP-seq部分。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。