三维多谱系人类器官发生模型的单细胞RNA测序展示体外内皮-造血转变
该数据集来自 omicsdi.org，为三维多谱系人类器官发生模型的单细胞RNA测序数据，用于展示体外内皮-造血转变。数据覆盖人类胚胎干细胞向三维 progressed elongated embryoid bodies（peEBs）的多谱系分化过程，该模型可重现早期人类发育的关键特征，包括心肌发生
基本信息
资源简介
三维多谱系人类器官发生模型的单细胞RNA测序展示体外内皮-造血转变
该数据集为三维多谱系人类器官发生模型的单细胞RNA测序数据，用于展示体外内皮-造血转变过程。其英文名称为 Single-cell RNA-seq of a three-dimensional multilineage human organogenesis model showing endothelial-to-hematopoietic-transition in vitro，来源于 omicsdi.org，主题标签为 Transcriptomics，在本站归类于血液与淋巴系统疾病 / 其他。数据覆盖人类胚胎干细胞向三维 progressed elongated embryoid bodies（peEBs）的多谱系分化过程，该模型可重现早期人类发育的关键特征，包括心肌发生与造血发生。研究者对 peEBs 在发育不同阶段进行转录组和蛋白质水平的表征，以研究体外胚胎造血及内皮-造血转变（EHT）。整体而言，该数据集以单细胞转录组为核心，为理解早期人类发育中造血谱系的出现及内皮向造血转变提供了三维多谱系模型层面的数据支撑。
【数据集背景】
该数据集所依托的生物学模型为人类胚胎干细胞向三维（3-D）结构的多谱系分化模型，称为 progressed elongated embryoid bodies（peEBs）。这一模型能够重现早期人类发育的关键特征，包括心肌发生和造血发生。研究的核心关注点在于胚胎造血以及内皮-造血转变（endothelial-to-hematopoietic-transition，EHT）在体外环境中的表现。内皮-造血转变是发育过程中造血细胞由内皮细胞产生的重要步骤，而该三维多谱系模型为在体外研究这一过程提供了接近早期人类发育的体系。数据集以单细胞RNA测序为主要手段，配合不同发育阶段的转录组与蛋白质水平表征，旨在刻画 peEBs 在发育进程中的细胞组成与分子特征。
【数据内容】
该数据集属于单细胞RNA测序数据，主题标签为 Transcriptomics。其内容围绕三维多谱系人类器官发生模型展开，用于展示体外内皮-造血转变。数据覆盖人类胚胎干细胞向三维 peEBs 的多谱系分化过程，并涉及该模型在发育不同阶段的转录组和蛋白质水平表征。由于该模型可重现早期人类发育的关键特征，包括心肌发生与造血发生，因此数据内容在细胞层面反映了多谱系分化的过程，尤其是与胚胎造血及内皮-造血转变相关的细胞状态与转录特征。关于样本数量、细胞数、测序深度、具体基因或蛋白列表等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 omicsdi.org。其英文名称为 Single-cell RNA-seq of a three-dimensional multilineage human organogenesis model showing endothelial-to-hematopoietic-transition in vitro。在本站分类中，该数据集归入血液与淋巴系统疾病 / 其他。数据产生自人类胚胎干细胞向三维 peEBs 的多谱系分化体系，并在不同发育阶段进行转录组和蛋白质水平的表征。关于具体的实验平台、测序仪器、试剂来源、样本处理流程、时间点设置等采集细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究早期人类发育中的造血发生与内皮-造血转变过程。由于模型为三维多谱系 peEBs，并可重现心肌发生和造血发生等关键特征，因此可用于在体外体系中考察人类胚胎干细胞向多谱系分化的转录组变化。其单细胞RNA测序属性使其适合分析发育过程中细胞群体的异质性、谱系分化轨迹以及内皮向造血转变相关的细胞状态。此外，该数据集也可用于与血液与淋巴系统疾病相关的发育生物学研究背景中，作为理解造血发育起源的参考数据。关于具体的疾病关联分析、临床转化应用或药物筛选场景，源站未提供。
【使用方法】
该数据集为单细胞RNA测序数据，可用于转录组层面的分析。使用时可围绕三维多谱系人类器官发生模型在发育不同阶段的转录组与蛋白质水平表征展开研究，重点关注胚胎造血及内皮-造血转变。由于数据涉及人类胚胎干细胞向 peEBs 的多谱系分化过程，分析时可结合该模型的发育阶段设计，考察心肌发生与造血发生相关特征。关于数据的具体文件格式、下载方式、预处理流程、分析工具与参数设置等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 omicsdi.org，其模型为三维多谱系 peEBs，可重现早期人类发育的关键特征，包括心肌发生和造血发生，并在不同发育阶段进行了转录组和蛋白质水平表征。这些特征为研究体外胚胎造血与内皮-造血转变提供了基础。然而，关于该数据集的质量评估指标、批次效应、重复数、覆盖度、验证程度以及具体限制条件，源站未提供。使用时应注意其体外模型属性，即该体系为人类胚胎干细胞来源的三维分化模型，而非体内发育样本。关于其他潜在限制，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 omicsdi.org。关于该数据集的引用方式、原始文献、作者信息、许可协议及使用条款，源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-13632
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
人类胚胎干细胞多向分化为三维（3-D）模型，称为进展性伸长胚状体（peEBs），重现了早期人类发育的关键特征，包括心肌发生和造血作用。通过转录组和蛋白质水平在不同发育阶段对peEBs进行表征，以体外研究胚胎造血作用和内皮-造血转变（EHT）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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