恶性疟原虫3D7红内期发育周期RNA-seq

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-7731

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

寄生虫恶性疟原虫是导致严重疟疾的元凶，而严重疟疾仍是发展中国家主要的死亡原因之一。为了依据当前指南和最佳实践为其血液阶段转录组提供一个全新的RNA-seq参考数据集，我们进行了一项时间进程实验，使用了三个独立的生物学重复的同步化恶性疟原虫3D7细胞，这些细胞在5%血细胞比容的人O+红细胞中培养。RNA-seq样本采集于8个发育阶段，包括早期环状体阶段（感染后8小时）、晚期环状体/早期滋养体阶段（感染后16小时）、中期滋养体（感染后24小时）、晚期滋养体（感染后32小时）、早期裂殖体（感染后40小时）、裂殖体（感染后44小时）、晚期裂殖体（感染后48小时）以及纯化的裂殖子（感染后0小时）。红细胞沉淀用Trizol裂解，总RNA通过柱式纯化法（PureLink RNA试剂盒）纯化，包括在柱上进行DNase处理，并使用qPCR控制无基因组DNA污染。全血总RNA样本使用磁珠分离技术（GLOBINclear试剂盒）去除人珠蛋白mRNA。

在RNA样本质量控制并针对富含AT的基因组优化cDNA文库制备以适用于Illumina测序后，RNA-seq在深圳华大基因（BGI Genomics，中国深圳）的HiSeq 4000平台上进行，生成100 bp的双端测序读长。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。