PRJNA1475356：跨健康与免疫缺陷谱系的免疫细胞图谱及疫苗应答 [CITE-seq]
数据覆盖从健康到免疫缺陷的不同状态，聚焦免疫细胞组成与疫苗应答的关联，可用于研究免疫缺陷相关血液及造血系统疾病的细胞异质性、疫苗反应差异及潜在生物标志物
![PRJNA1475356: Mapping immune cellular landscapes and vaccine responses across a spectrum of health and immunodeficiency [CITE-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/112985.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1475356：跨健康与免疫缺陷谱系的免疫细胞图谱及疫苗应答 [CITE-seq]
PRJNA1475356 是一个以 CITE-seq 技术为核心的生物项目数据集，英文全称为“Mapping immune cellular landscapes and vaccine responses across a spectrum of health and immunodeficiency”。该数据集围绕从健康状态到免疫缺陷的不同人群，系统描绘免疫细胞组成图谱，并考察疫苗应答的差异。其分类归属于血液及造血器官疾病 / 其他，主题标签为 Other。数据集旨在为研究免疫缺陷相关血液及造血系统疾病的细胞异质性、疫苗反应差异及潜在生物标志物提供数据基础，适合免疫学、血液学及疫苗研究领域的科研人员参考使用。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 1475356。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议而汇集的一组生物学数据，通常由单一机构或联盟发起，并为用户提供统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集所属的研究计划聚焦于免疫细胞图谱与疫苗应答，覆盖从健康到免疫缺陷的连续状态谱系，属于血液及造血器官疾病 / 其他分类下的研究资源。其主题标签为 Other，表明该数据集在主题归类上不局限于某一特定细分方向，而是服务于更广泛的免疫与血液系统研究需求。
【数据内容】
该数据集采用 CITE-seq 技术，即通过核酸标记抗体与单细胞转录组测序相结合的方式，同时获取免疫细胞的转录组信息和表面蛋白信息。数据内容覆盖从健康到免疫缺陷的不同状态，聚焦免疫细胞组成与疫苗应答之间的关联。通过该数据集，研究者可以观察不同健康状态下免疫细胞群体的构成差异，并分析疫苗应答过程中细胞层面的变化。数据集可用于研究免疫缺陷相关血液及造血系统疾病的细胞异质性、疫苗反应差异及潜在生物标志物。源站未提供具体的样本数量、细胞数量、测序深度、基因或蛋白标记列表等详细指标。
【采集与来源】
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Mapping immune cellular landscapes and vaccine res... (ID 1475356) - BioProject - NCBI”。作为 BioProject 记录，它汇集了与单一研究计划相关的多种数据类型，这些数据由单一组织或联盟发起并生成。BioProject 记录本身并不直接存储所有原始数据，而是提供链接，使用户能够找到该项目产生的不同数据类型。源站未提供具体的采集地点、采集时间、样本处理流程、伦理审批信息或数据生成机构的具体名称。
【适用场景】
该数据集适用于免疫学、血液学、疫苗学及相关转化医学研究。具体而言，可用于探索免疫缺陷相关血液及造血系统疾病的细胞异质性，比较不同健康状态下免疫细胞组成的差异，分析疫苗应答的个体间差异，以及寻找与免疫缺陷或疫苗反应相关的潜在生物标志物。由于数据覆盖从健康到免疫缺陷的连续状态，也可用于构建免疫细胞参考图谱，或作为方法学研究中 CITE-seq 数据分析的测试数据集。源站未提供该数据集在特定疾病亚型、特定疫苗类型或特定人群中的具体应用案例。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI BioProject 数据库访问该数据集，项目编号为 PRJNA1475356。BioProject 记录提供统一入口，用户可从中找到链接，进而获取该项目产生的不同数据类型。由于该数据集基于 CITE-seq 技术，使用时应具备单细胞转录组与表面蛋白联合分析的相关背景知识。源站未提供具体的数据下载格式、分析流程、软件工具推荐或预处理步骤说明。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开可查的研究资源。其分类为血液及造血器官疾病 / 其他，主题标签为 Other，表明其主题范围较广。由于源站未提供具体的样本量、测序质量指标、批次效应信息、数据完整性说明或验证结果，使用者需自行评估数据质量。此外，该数据集覆盖从健康到免疫缺陷的不同状态，但源站未说明各状态的具体定义、纳入排除标准或样本分布比例，因此在使用时需注意这些限制。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款。使用者应参考 NCBI BioProject 数据库的通用使用政策，并在使用该数据集时遵循相关学术规范。由于源站未提供具体的引用要求，建议直接访问项目页面获取最新信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1475356
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
个体对感染和疫苗接种的免疫反应存在差异，这种差异可能由免疫细胞景观的差异以及协调免疫细胞功能的信号传导、转录和遗传机制所塑造。特异性抗体缺陷（SAD）和常见变异型免疫缺陷（CVID）是主要以抗体缺陷为特征的常见形式，导致对疫苗接种的反应不佳。尽管已有报道指出CVID患者免疫功能障碍和疫苗接种反应不佳的分子和细胞原因，但在SAD中尚未发现免疫细胞或分子缺陷。在此，我们采用单细胞多组学技术，对SAD和CVID患者在多糖疫苗接种前后的细胞景观、转录状态、适应性免疫 repertoire 以及蛋白质表达进行了定义。
我们发现，尽管SAD和CVID表现出重叠的免疫缺陷，包括耗竭NK记忆细胞的积累以及单核细胞介导脂多糖感应和清除的基因表达失调，但SAD个体具有独特的细胞毒性CD4+ T细胞扩增，这与调节性T细胞减少相关。在疫苗接种反应中，我们观察到单核细胞脂多糖反应相关基因表达的快速变化和B细胞中NF-kB通路的激活，以及CD95+类别转换记忆B细胞群体的明显扩增，而这种扩增在抗原特异性反应较低的患者中并未出现。总之，我们的发现揭示了支撑疫苗反应变异的细胞和分子因素，并将SAD界定在更广泛的免疫功能障碍谱系中。总体设计：本项目包含来自10名CVID患者、10名SAD患者和10名健康对照者接种疫苗前后采集的外周血单核细胞（PBMC）的CITE-seq和VDJ-seq数据。所有60份PBMC样本均用哈希标签寡核苷酸（HTO）和一组
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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