PRJNA1473299：跨健康与免疫缺陷谱系的免疫细胞图谱与疫苗应答 [TCR-seq]
数据聚焦于跨健康与免疫缺陷谱系的免疫细胞图谱及疫苗应答，采用 TCR-seq 技术。本站分类为血液及造血器官疾病 / 其他，主题标签为 Other
![PRJNA1473299: Mapping immune cellular landscapes and vaccine responses across a spectrum of health and immunodeficiency [TCR-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/112986.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1473299：跨健康与免疫缺陷谱系的免疫细胞图谱与疫苗应答 [TCR-seq]
PRJNA1473299 是一个以 TCR-seq 为核心技术手段的免疫学研究项目数据集，英文全称为“Mapping immune cellular landscapes and vaccine responses across a spectrum of health and immunodeficiency [TCR-seq]”。该数据集聚焦于跨健康与免疫缺陷谱系的免疫细胞图谱及疫苗应答，旨在从免疫组库层面刻画不同健康状态下免疫细胞的变化特征以及机体对疫苗的反应。数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题为“Mapping immune cellular landscapes and vaccine res... (ID 1473299) - BioProject - NCBI”。在本站分类中，该数据集归入“血液及造血器官疾病 / 其他”类别，主题标签为“Other”。整体而言，该数据集为研究免疫缺陷相关疾病与疫苗免疫应答之间的关系提供了 TCR 测序层面的数据基础。
【数据集背景】
该数据集所属的 BioProject 是一个围绕单一研究计划组织起来的生物数据集合，其数据来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种类型数据。从标题可以看出，该项目的总体目标是绘制跨健康与免疫缺陷谱系的免疫细胞图谱，并研究疫苗应答情况。本数据集是该项目中专注于 TCR-seq 的部分，即通过 T 细胞受体测序来解析免疫细胞尤其是 T 细胞的组成与多样性。免疫缺陷状态可能影响疫苗诱导的免疫应答质量与持久性，因此该项目试图在健康与免疫缺陷之间建立连续的观察谱系，而 TCR-seq 数据正是支撑这一目标的关键数据类型之一。
【数据内容】
该数据集的核心内容为 TCR-seq 数据，即 T 细胞受体测序数据。其研究主题涵盖免疫细胞图谱的绘制以及疫苗应答的评估，覆盖从健康状态到免疫缺陷状态的连续谱系。本站分类将其归入“血液及造血器官疾病 / 其他”，主题标签为“Other”。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、序列读长、分析流程或具体免疫细胞亚群组成等更细粒度的数据描述。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，BioProject ID 为 1473299。BioProject 作为生物数据的集合性记录，汇集了与单一研究计划相关的多种数据类型，并来自单一机构或联合体。关于样本采集地点、采集时间、受试者人群特征、伦理审批信息以及具体实验操作细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于免疫学、血液学以及疫苗研究相关领域。具体而言，可用于研究健康与免疫缺陷状态下 T 细胞受体库的差异，探索疫苗应答过程中 T 细胞克隆组成的变化，以及为免疫缺陷相关疾病与造血系统疾病的机制研究提供 TCR-seq 层面的参考数据。由于本站分类为“血液及造血器官疾病 / 其他”，该数据集也可能对血液及造血器官疾病领域的免疫组库研究具有参考价值。关于该数据集是否适用于其他特定分析目的，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库以 ID 1473299 进行检索和访问。BioProject 记录提供统一入口，便于用户查找该项目关联的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具推荐或处理流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，属于公开的生物项目记录。关于数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、批次效应、样本量大小以及潜在偏倚等信息，源站未提供。使用者应注意，该数据集为 TCR-seq 数据，其结论主要适用于 T 细胞受体相关分析，不宜直接外推至其他免疫细胞类型或非 TCR 层面的免疫应答评估。关于该数据集的具体限制条件，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI BioProject，ID 为 1473299。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及是否允许再分发等具体信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1473299
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
个体对感染和疫苗接种的免疫反应存在差异，这种差异可能由免疫细胞景观的差异以及协调免疫细胞功能的信号传导、转录和遗传机制所塑造。特异性抗体缺陷（SAD）和常见变异型免疫缺陷（CVID）是主要以抗体缺陷为特征的常见形式，导致对疫苗接种的反应不佳。尽管已有报道指出CVID患者免疫功能障碍和疫苗接种反应不佳的分子和细胞原因，但在SAD中尚未发现免疫细胞或分子缺陷。在此，我们采用单细胞多组学技术，对SAD和CVID患者在多糖疫苗接种前后的细胞景观、转录状态、适应性免疫 repertoire 以及蛋白质表达进行了定义。
我们发现，尽管SAD和CVID表现出重叠的免疫缺陷，包括耗竭NK记忆细胞的积累以及单核细胞介导脂多糖感应和清除的基因表达失调，但SAD个体具有独特的细胞毒性CD4+ T细胞扩增，这与调节性T细胞减少相关。在疫苗接种反应中，我们观察到单核细胞脂多糖反应相关基因表达的快速变化和B细胞中NF-kB通路的激活，以及CD95+类别转换记忆B细胞群体的明显扩增，而这种扩增在抗原特异性反应较低的患者中并未出现。总之，我们的发现揭示了支撑疫苗反应变异的细胞和分子因素，并将SAD界定在更广泛的免疫功能障碍谱系中。总体设计：本项目包含来自10名CVID患者、10名SAD患者和10名健康对照者在疫苗接种前后采集的外周血单核细胞（PBMC）的CITE-seq和VDJ-seq数据。所有60份PBMC样本均用哈希标签寡核苷酸（HTOs）和一组
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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