基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1276158：鸡皮刺螨分离株HYM-Babylon-1基因组测序

PRJNA1276158 对应的是 NCBI BioProject 数据库中编号为 1276158 的项目，其标题为“Dermanyssus gallinae isolate:HYM-Babylon-1 Genome sequencing”。从名称可以看出，该项目围绕鸡皮刺螨（Dermanyssus gallinae）的一个分离株 HYM-Babylon-1 展开基因组测序工作。项目在 NCBI 上以 BioProject 形式组织，BioProject 是一组与单一研究计划相关的生物学数据的集合，通常来自单一机构或联合体，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。该数据集的主题标签为“Genome sequencing”，在本地分类体系中归入“血液及造血器官疾病 / 其他”类别。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

该数据集所依托的 BioProject 记录，是 NCBI 对某一研究计划所产生数据集的整体性组织方式。BioProject 的核心作用在于将同一研究计划下产生的不同类型数据集中呈现，使用户能够从一个记录出发，链接到该项目所生成的各种数据。本项目聚焦于鸡皮刺螨分离株 HYM-Babylon-1 的基因组测序，主题标签明确为“Genome sequencing”。在本地分类中，该数据集被归入“血液及造血器官疾病 / 其他”类别，说明其组织归类与血液及造血器官疾病领域相关。关于该研究计划的具体发起机构、联合体组成、资助来源以及研究动因，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的核心内容是针对 Dermanyssus gallinae 分离株 HYM-Babylon-1 的基因组测序数据。项目标题直接表明其性质为“Genome sequencing”，主题标签同样为“Genome sequencing”。BioProject 记录本身并不等同于具体的测序读段或组装序列，而是作为项目层面的入口，汇集与该研究计划相关的多种数据类型。关于该项目的具体测序平台、测序深度、组装水平、注释情况、数据文件格式与数量等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。项目记录标识为 BioProject ID 1276158，英文名称为“PRJNA1276158: Dermanyssus gallinae isolate:HYM-Babylon-1 Genome sequencing”。生物材料为鸡皮刺螨的分离株 HYM-Babylon-1。关于该分离株的采集地点、采集时间、宿主信息、样本处理流程以及测序实验的具体操作，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与分类，该数据集可用于与鸡皮刺螨基因组测序相关的生物信息学分析场景，例如基因组数据的检索、浏览与再利用。由于 BioProject 提供统一入口以链接同一研究计划下的多种数据类型，该数据集适合作为项目层面的索引，帮助用户定位该研究计划所产生的数据。在本地分类中归入“血液及造血器官疾病 / 其他”，提示其可能与血液及造血器官疾病领域的关注点存在关联。关于该数据集在具体研究中的实际应用案例或分析目标，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI 的 BioProject 记录访问该数据集，利用 BioProject ID 1276158 或项目英文名称进行检索。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此进一步获取相关数据。关于具体的数据下载方式、文件组织格式、配套分析工具以及使用步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以 BioProject 形式组织，其记录提供项目层面的信息与数据链接。关于测序数据质量、组装完整性、注释准确性、数据覆盖度等质量指标，源站未提供。该数据集在本地分类中归入“血液及造血器官疾病 / 其他”，属于分类归属信息，不构成对数据质量或适用性的评价。使用时应以源站记录为准，并注意 BioProject 记录本身是项目集合入口，而非具体数据文件。关于数据的使用限制、伦理审查信息以及是否存在访问控制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目标识为 BioProject ID 1276158。关于该数据集的引用格式、许可条款、使用条件以及是否存在使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1276158

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1276158

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本BioProject提供了鸡皮刺螨（Dermanyssus gallinae）的首个基因组组装数据。鸡皮刺螨是一种吸食血液的体外寄生螨，侵扰家禽，样本采集自伊拉克的养鸡场。鸡皮刺螨可导致贫血、产蛋量下降并传播病原体，对家禽健康和生产构成重大威胁。该基因组代表了伊拉克该物种的首个参考数据集，为种群遗传学、杀螨剂抗性、宿主-寄生虫相互作用以及潜在生物防治靶点的研究提供了关键资源。这些数据将支持区域和全球范围内了解和控制这一具有重要经济意义的体外寄生虫的努力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别