PRJEB104021：基于RADseq的冬眠蝙蝠感染状态与生理性状全基因组关联
该数据集来自NCBI，采用双酶切RADseq对多种冬眠蝙蝠进行全基因组变异检测，共测序189个个体，用于识别与Pseudogymnoascus destructans、Trypanosoma和Bartonella感染状态及冬眠期血液生化与血液学参数变异相关的宿主基因组因素
基本信息
资源简介
PRJEB104021：基于RADseq的冬眠蝙蝠感染状态与生理性状全基因组关联
PRJEB104021 数据集来自 NCBI，围绕冬眠蝙蝠的宿主基因组因素展开研究。该研究采用双酶切 RADseq（double-digest RADseq）技术，对来自若干物种的 189 个个体进行测序，在全基因组范围内检测变异，以识别与 Pseudogymnoascus destructans、Trypanosoma 和 Bartonella 感染状态相关的宿主遗传因素，同时考察冬眠期血液生化与血液学参数变异的基因组关联。数据集包含为全基因组关联分析生成的配对末端 RADseq 测序读段，在站内归入血液及造血器官疾病 / 其他分类，主题标签为 Other。
【数据集背景】
该数据集对应的研究聚焦于冬眠蝙蝠的感染与生理性状的遗传基础。冬眠是蝙蝠越冬的重要生理状态，期间宿主免疫与代谢状态发生变化，可能影响其对病原体的耐受能力。研究以 vespertilionid 蝙蝠（蝙蝠科）为对象，关注三类感染因子：Pseudogymnoascus destructans（引起蝙蝠白鼻综合征的病原真菌）、Trypanosoma（锥虫）和 Bartonella（巴尔通体）。研究目标是通过全基因组关联分析，识别与上述感染状态以及冬眠期血液生化、血液学参数变异相关的宿主基因组因素，从而理解宿主遗传变异在感染耐受与生理调节中的作用。
【数据内容】
数据集的核心内容是配对末端 RADseq 测序读段，这些读段用于全基因组关联分析。测序对象为来自若干物种的 189 个蝙蝠个体。RADseq 技术通过限制性内切酶对基因组进行双酶切，富集特定基因组区域并测序，从而在全基因组范围内获取大量单核苷酸多态性等变异信息。数据可用于后续的变异检测、基因型分型以及与感染状态和生理性状的关联分析。除测序读段外，源站描述未提供更多关于样本元数据、变异位点数量或具体表型测量值的细节。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。研究对多种冬眠蝙蝠个体进行采样并测序，样本涉及若干物种，合计 189 个个体。测序产生配对末端 RADseq 读段。源站描述未提供采样地点、采样时间、个体性别与年龄构成、伦理审批信息或测序平台的具体型号等细节。
【适用场景】
该数据集适用于宿主-病原体相互作用与生理性状的遗传关联研究，尤其是冬眠蝙蝠对真菌、锥虫和巴尔通体感染的耐受机制探索。具体可用于：全基因组关联分析的方法开发与验证；蝙蝠群体基因组变异检测与基因型分型流程的测试；感染状态与血液生化、血液学参数相关遗传变异的比较研究；以及与其他蝙蝠或哺乳动物 RADseq 数据集的整合分析。由于涉及血液学与血液生化指标，也可为血液及造血器官相关性状的遗传基础研究提供参考数据。
【使用方法】
使用该数据集时，通常先对配对末端 RADseq 读段进行质量控制与过滤，随后进行去冗余、比对参考基因组、变异检测与基因型分型，构建全基因组变异矩阵。在此基础上，结合感染状态与生理性状表型数据进行关联分析，识别显著关联位点与候选基因。分析中需注意 RADseq 数据特有的缺失位点与等位基因丢失问题，并采用适当的群体遗传学与关联分析模型控制群体分层等混杂因素。源站描述未提供具体的分析流程、软件参数或参考基因组版本。
【质量与限制】
源站描述未提供测序深度、读长、数据量、碱基质量、变异位点数量等质量指标，也未提供样本表型数据的完整性与准确性评估。RADseq 方法本身仅覆盖基因组中限制性酶切位点附近的区域，属于简化基因组测序，可能遗漏未覆盖区域的变异信息；不同物种与个体间的位点缺失可能影响关联分析的效力。此外，源站描述未说明样本量在物种间的分布，跨物种关联分析时需考虑群体结构与物种差异带来的限制。
【引用与许可】
源站描述未提供数据集的引用文献、作者列表、发表期刊或数据使用许可条款。使用该数据集时应遵循 NCBI 平台的相关数据使用政策，并建议查阅原始项目页面获取最新的引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB104021
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究采用双酶切RADseq技术，在全基因组范围内鉴定与冬眠蝙蝠（蝙蝠科）感染状态及生理参数相关的变异。研究对来自多个物种的189个个体进行了测序，以探究与耐受假裸囊菌、锥虫和巴尔通体感染相关的宿主基因组因素，以及冬眠期间血液生化和血液学指标的变化。该数据集包含为全基因组关联分析生成的配对末端RADseq测序读段。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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