蛛网膜下腔出血后脑血管痉挛患者数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-37924

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

蛛网膜下腔出血后脑血管痉挛的诊断目前非常困难，需要血液生物标志物等额外工具。我们测试了血细胞基因表达谱预测血管痉挛的能力。这项前瞻性单中心研究纳入了32例蛛网膜下腔出血患者。根据是否发生复杂性脑血管痉挛（痉挛组）进行分组（对照组），并按年龄（±10岁）、性别、Fisher分级（±1）、部位、吸烟（至少前3项参数）进行配对。使用25,000基因微阵列测定血细胞的基因表达谱。血样：在PAXgene® Blood RNA管（PreAnalytix）中采集2.5 mL；RNA提取：PAXgene® Blood RNA试剂盒（Qiagen）。我们使用了通用参考RNA（Stratagene）。RNA扩增和标记：Amino Allyl MessageAmp II试剂盒（Ambion）。我们使用来自“Réseau National des Génopôles”（法国伊尔基希）的全基因组微阵列，每位患者杂交4张微阵列。

将2张玻片与标记了Cy3的参考RNA和标记了Cy5的患者RNA进行杂交，另将2张玻片与标记了Cy5的参考RNA和标记了Cy3的患者RNA进行杂交。杂交：采用Agilent方案并稍作修改：每种标记RNA各750 ng，于60°C在Agilent杂交仪中杂交17小时。洗涤后，用GenePix 4000B扫描仪（Molecular Devices）扫描玻片。图像强度数据用GenePix Pro 6.0分析软件提取。使用MAIA软件（Novikov E and Barillot E. Software package for automatic microarray image analysis (MAIA)）进行Cy3和Cy5的定量及优质斑点的筛选。随后使用ACUITY软件，通过Lowess非线性归一化对Cy3/Cy5对数比值进行归一化，过滤掉在4张玻片中少于3张中出现的基因，并评估每位患者4张微阵列的可重复性（层次聚类、自组织映射）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。