侵袭性曲霉病新型生物标志物

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT03004092

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：侵袭性曲霉病。侵袭性曲霉病的诊断往往难以确诊，因为这需要在组织病理学检查中直接证据表明有侵袭性生长。在易感患者存在的情况下，基于疾病的临床和真菌学证据，可以疑似 probable 诊断。EORTC-MSG 指南为这一诊断提供了广泛接受的基础。根据这些指南，真菌学证据可以包括曲霉菌属培养阳性，或在相关体液样本中检测到半乳甘露聚糖（GM）。GM 是曲霉菌霉菌的一部分，可通过商业化的免疫酶联夹心微孔板检测法检测。然而，与大多数生物标志物一样，半乳甘露聚糖远非完美的生物标志物。已知几种β-内酰胺类抗生素会导致假阳性，且据报道抗霉菌治疗会显著降低其敏感性[1]。因此，能够规避这些问题的额外生物标志物将是有益的。一个潜在的新靶点是胶毒素（GT），它是几种真菌的次级代谢产物，其中临床上最重要的是曲霉菌[2]。

GT在侵袭性生长过程中释放，因此可作为产GT真菌所致侵袭性真菌病的生物标志物。然而，GT会迅速被红细胞从循环中清除，使其成为不可靠的标志物[3]。GT的降解产物双(甲硫基)胶霉毒素（bmGT）似乎更为稳定，因为它不会被红细胞摄取。小型研究已表明，血清bmGT或支气管肺泡灌洗液（BAL）中的bmGT可作为侵袭性曲霉病的潜在标志物，尤其是与GM联合使用时[3-5]。近期，另一种高度特异性的检测方法已问世，其基于使用单克隆抗体（JF5）在免疫层析侧向流装置（LFD）中检测曲霉属生长过程中分泌的胞外糖蛋白[6,7]。该检测可实现快速（<15分钟）检测

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。