人红系细胞中生物学相关增强子的鉴定 [ChIP-Seq]
该数据集来自 omicsdi.org，属于血液及造血器官疾病 / 其他分类，主题标签为 Genomics。数据通过染色质免疫共沉淀结合大规模平行测序，在原发性人红系细胞中构建了 p300 及 GATA1、NF-E2、KLF1、SCL 四个转录因子的全基因组候选增强子图谱，并结合基因表达分析鉴定候选增
![Identification of Biologically Relevant Enhancers in Human Erythroid Cells [ChIP-Seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/84017.jpg)
基本信息
资源简介
人红系细胞中生物学相关增强子的鉴定 [ChIP-Seq]
Identification of Biologically Relevant Enhancers in Human Erythroid Cells [ChIP-Seq] 是一个聚焦于人类红系细胞中生物学相关增强子鉴定的基因组学数据集，收录于血液及造血器官疾病 / 其他分类，来源站为 omicsdi.org，主题标签为 Genomics。该数据集的核心目标在于识别细胞类型特异性增强子，从而理解细胞发育与分化相关调控程序的机制。研究以原发性人红系细胞为对象，通过染色质免疫共沉淀结合大规模平行测序技术，构建了 p300 以及 GATA1、NF-E2、KLF1、SCL 四个转录因子的全基因组候选增强子图谱，并结合基因表达分析对候选增强子进行鉴定，为解析红系细胞高度特化的基因表达调控提供了数据基础。
【数据集背景】
细胞类型特异性增强子的鉴定对于理解控制细胞发育和分化的调控程序具有重要意义。增强子通常由共转录激活蛋白 p300 标记，或由一组在特定细胞中表达的转录因子共同标记。人类红系细胞是一种高度特化的细胞类型，其进化目的在于为全身提供充足氧气。研究据此提出假设：存在一组独特的增强子调控人红系细胞中的基因表达。该数据集正是在这一背景下产生，旨在通过全基因组水平的增强子图谱构建与表达分析，识别与人红系细胞生物学相关的候选增强子。
【数据内容】
该数据集属于 Genomics 主题，内容围绕染色质免疫共沉淀结合大规模平行测序所生成的全基因组图谱展开。具体而言，研究针对 p300 以及四个转录因子 GATA1、NF-E2、KLF1 和 SCL，在原发性人红系细胞中构建了候选增强子的全基因组图谱。这些数据随后与基因表达分析相结合，用于鉴定候选增强子。数据集英文名称中标注了 ChIP-Seq，表明其技术基础为染色质免疫共沉淀测序。除上述信息外，源站未提供更细粒度的数据内容描述。
【采集与来源】
该数据集来源站为 omicsdi.org，所属分类为血液及造血器官疾病 / 其他。根据源站描述，数据采集使用染色质免疫共沉淀结合大规模平行测序技术，样本为原发性人红系细胞。研究针对 p300 和 GATA1、NF-E2、KLF1、SCL 四个转录因子分别构建了全基因组候选增强子图谱。关于样本数量、采集时间、具体实验条件、测序平台与深度等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与人类红系细胞基因表达调控相关的研究场景，尤其是细胞类型特异性增强子的鉴定与分析。由于数据涵盖 p300 及 GATA1、NF-E2、KLF1、SCL 等红系相关转录因子的全基因组候选增强子图谱，并包含与基因表达分析的结合，可用于探索红系细胞发育与分化过程中的调控机制。其分类归属血液及造血器官疾病 / 其他，也提示其可能服务于血液及造血器官相关疾病背景下的调控研究。关于更具体的适用场景，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具或参数设置等信息。
【质量与限制】
源站描述提到，这些候选增强子的特征与其预测功能相一致，但该句在源站描述中并未完整呈现。关于数据集的质量评估指标、覆盖度、假阳性或假阴性风险、批次效应、样本代表性等具体限制，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-43625
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
识别细胞类型特异性增强子对于理解调控细胞发育和分化程序的机制至关重要。增强子通常由共转录激活蛋白p300或由细胞表达的一组转录因子标记。我们假设，一套独特的增强子调控人类红系细胞中的基因表达，红系细胞是一种高度特化的细胞类型，其进化目的是为全身提供充足的氧气。利用染色质免疫沉淀结合大规模并行测序技术，我们构建了原代人类红系细胞中p300及四种转录因子GATA1、NF-E2、KLF1和SCL的全基因组候选增强子图谱。这些数据与基因表达分析相结合，确定了候选增强子。与它们作为候选增强子的预测功能一致，在红系细胞中高表达基因的转录起始位点（TSS）1-50 kb范围内，p300及共定位红系转录因子组合的富集具有统计学意义。候选增强子还在已知具有红系细胞功能或红系细胞表型的基因附近富集。
候选增强子与小鼠仅表现出中等程度的保守性，与非胎盘脊椎动物则表现出极低的保守性。候选增强子被映射到NHGRI的GWAS目录中一组红细胞相关的、具有生物学意义的SNP数据集上。14个候选增强子，代表10个遗传位点，映射到与具有生物学意义的红细胞性状相关的位点。来自这些位点的片段在报告基因检测中引导了统计学上显著的表达。鉴定人类红细胞细胞中的增强子将有助于更好地理解红细胞细胞的发育、分化、结构和功能，并为遗传性和获得性血液疾病提供见解。CD34+选择的干细胞和祖细胞在缺乏
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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