全转录组测序揭示PNH粒细胞中CXCR2表达增加
该数据集来自NCBI，包含1个文件（GSE80062_series_matrix.txt.gz），基于高通量测序对人类粒细胞进行全转录组表达谱分析，旨在探究PIG-A突变在阵发性睡眠性血红蛋白尿症（PNH）患者中的功能效应，并发现PNH粒细胞中CXCR2表达增加
基本信息
资源简介
全转录组测序揭示PNH粒细胞中CXCR2表达增加
GSE80062 是一个来自 NCBI 的基因表达数据集，主题为“全转录组测序鉴定阵发性睡眠性血红蛋白尿症（PNH）粒细胞中 CXCR2 表达增加”。该数据集通过高通量 RNA 测序技术，对人类粒细胞进行全转录组表达谱分析，旨在阐明 PNH 患者中 GPI-AP 阴性细胞的选择性优势，并考察 PIG-A 突变在人类粒细胞中的功能效应。数据集包含 1 个文件，即 GSE80062_series_matrix.txt.gz，由作者 Kohei Hosokawa 发布，发布时间为 201 年 4 月 8 日，归类于血液及造血器官疾病 / 其他。该数据集为研究 PNH 中 PIG-A 突变相关基因表达变化，特别是 CXCR2 表达升高，提供了转录组层面的数据基础。
【数据集背景】
阵发性睡眠性血红蛋白尿症（PNH）是一种获得性造血干细胞疾病，其特点之一是部分血细胞表面缺乏糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白（GPI-AP）。为阐明 PNH 患者中 GPI-AP 阴性细胞为何具有选择性优势，该数据集采用 RNA 测序方法，检查 PIG-A 突变在人类粒细胞中的功能效应。源站描述明确指出，该研究的目的是“To clarify the selective advantage of the GPI-AP- cells in paroxysmal nocturnal hemoglobinuria (PNH) patients, RNA-seq was applied to examine functional effects of the PIG-A mutation in human granulocytes.” 数据集标题进一步表明，全转录组测序鉴定出 PNH 粒细胞中 CXCR2 表达增加，这为理解 PNH 粒细胞的功能改变提供了线索。
【数据内容】
该数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE80062_series_matrix.txt.gz。文件以 GZIP 压缩包形式提供，内容为全转录组表达谱数据。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”、GPL11154 和 9606，分别对应高通量测序表达谱分析、平台编号和人类物种编号。数据集围绕人类粒细胞的全转录组表达谱展开，核心发现是 PNH 粒细胞中 CXCR2 表达增加。除上述文件与标签信息外，源站未提供更细化的样本数量、分组设计或具体基因列表。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Whole transcriptome sequencing identifies increased CXCR2 expression in PNH granulocytes”。作者为 Kohei，Hosokawa，发布时间为 Apr 08 201。数据通过 RNA-seq 技术对人类粒细胞进行全转录组测序，以研究 PIG-A 突变的功能效应。本站分类为血液及造血器官疾病 / 其他。除来源站、作者、发布时间和平台编号 GPL11154 外，源站未提供更详细的采样地点、样本处理流程或测序仪器信息。
【适用场景】
该数据集适用于血液及造血器官疾病相关研究，尤其是阵发性睡眠性血红蛋白尿症（PNH）的转录组分析。研究人员可利用该数据考察 PNH 患者粒细胞中 PIG-A 突变相关的基因表达变化，验证或探索 CXCR2 表达增加这一发现，并在此基础上开展 GPI-AP 阴性细胞选择性优势的机制研究。由于数据为全转录组表达谱，也可用于高通量测序表达谱分析的方法学参考。具体适用场景应结合源站描述和文件内容判断，源站未提供额外的应用建议。
【使用方法】
使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE80062_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。由于文件为 series matrix 格式，通常包含样本信息和表达值矩阵，分析前应检查行名、列名和分组注释是否与研究设计一致。源站未提供具体的分析脚本、标准化方法或质量控制步骤，使用者需根据自身分析需求进行后续处理。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，文件样例为 GSE80062_series_matrix.txt.gz，源站未提供样本数量、测序深度、重复设计或质量控制指标等详细信息。因此，无法依据现有信息评估数据的完整性和统计效力。数据集的核心结论为 PNH 粒细胞中 CXCR2 表达增加，但源站未提供差异表达基因列表、统计检验方法或验证实验细节。使用时应注意这些限制，并结合源站原始记录进行核实。源站未提供其他质量相关说明。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Kohei，Hosokawa，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，发布时间为 Apr 08 201。源站未提供具体的引用格式、期刊信息或许可条款。使用该数据集时，应遵循 NCBI 及相关数据发布方的使用规定，并建议在发表成果时引用源站标题和作者信息。除上述信息外，源站未提供更多关于引用与许可的说明。
下载信息
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暂未开放公开下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE80062
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为阐明阵发性睡眠性血红蛋白尿症（PNH）患者中GPI-AP-细胞的选择性优势，应用RNA-seq检测PIG-A突变对人粒细胞的功能影响。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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