健康供者SIT1敲除与对照T细胞的Bulk RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE325729

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

跨膜衔接蛋白SIT1是T细胞受体（TCR）信号传导的负调控因子，但其在人类免疫中的作用仍鲜有表征。我们对来自人类健康供者的T细胞进行了批量RNA测序（RNA-seq）。在原代T细胞中构建了SIT1敲除（KO），并比较了SIT1 KO与对照细胞的转录组图谱。该数据集可用于表征SIT1缺失后相关的基因表达变化。由于适用的数据隐私法规，包括参与者原始测序数据在内的可识别信息无法存入公共存储库。符合条件的研究人员可通过提交正式申请并证明符合参与者知情同意条件来请求访问数据。研究参与者签署的知情同意书允许将数据用于罕见免疫学和血液学疾病的研究。请求应发送至 j.s.saarela@ncmbm.uio.no。本提交提供了处理后基因表达数据（读取计数）及相关元数据，为研究人类T细胞中SIT1依赖性转录调控提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。