TGF-β1重塑β-globin与MYC增强子染色质导致红系分化缺陷 [scRNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE320598

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

红细胞生成是一个受到严格调控的过程，涉及快速细胞增殖与有序分化，以确保产生数以百万计的红细胞。TGF-β1是红细胞生成的关键调控因子，然而其调控红细胞生成的机制尚未充分阐明。利用骨髓增生异常综合征患者样本，我们发现TGF-β1和SMAD2信号通路的升高与贫血程度相关。在原代人类HSPC中的功能研究表明，TGF-β1发挥双向效应——抑制增殖并诱导红系过早分化——两者均可被临床阶段的TGFBR1抑制剂所逆转。通过整合RNA-seq、ChIP-seq和Micro-C分析，我们发现TGF-β1激活β-珠蛋白LCR，驱动早期分化，同时破坏MYC增强子-启动子相互作用以阻断增殖。我们通过在TGF-β1转基因小鼠中进行单细胞RNA-seq，在体内验证了红细胞生成缺陷。我们的研究结果表明，TGF-β1/SMAD2信号通路通过影响β-LCR和MYC超级增强子区域重塑染色质，从而调控红细胞生成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。