解析polycomb复合体以增强表型选择性 [RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE316416

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Polycomb抑制复合物PRC1和PRC2调控多种发育过程，包括血红蛋白生成中从胎儿型向成人型的转换，而逆转这一过程是治疗镰状细胞病和β-地中海贫血的目标。PRC抑制剂在多种疾病中显示出前景，但由于PRC的多效性活性，其应用受到限制。我们探索了是否可以通过选择性扰动PRC1或PRC2组分而不完全丧失PRC功能，在成人红系细胞中重新激活胎儿血红蛋白（HbF）。一项高密度CRISPR-Cas9诱变筛选鉴定了EZH2亚基中的一个区域，在该区域Cas9诱导了外显子14跳跃（EZH2Δ14）。EZH2Δ14缺失CXC结构域的一部分，可解除HbF抑制，同时基本维持细胞适应性。EZH2Δ14保留了H3K27甲基化以及对一部分PRC靶基因的抑制作用。在携带人β-珠蛋白基因的小鼠中进行的实验证实了EZH2对HbF表达的调控具有保守性。这些发现表明，部分破坏PRC可产生选择性表型，突显了靶向染色质修饰复合物中非酶结构域的治疗潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。